10x单细胞数据处理各种报错记录

SRR数据解压与cellranger处理问题解决方案,

原创已于 2023-02-02 15:20:14 修改 · 1.2k 阅读

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于 2023-02-02 14:26:50 首次发布

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文章讲述了在处理SRR数据时遇到的解压缩问题，原解压命令可能只生成一个fastq文件，而正确的方法是使用pfastq-dump并指定--split-files参数。对于cellrangercount的报错，解决方案是添加--chemistry参数。当GEO上的数据原格式为bam时，需用cellrangerbamtofastq将其转换为fastq格式。

1.SRR数据解压

SRR数据有时候解压出来就一个fastq文件，但是在geo上看原始数据是提供了I1,R1,R2文件的

解压命令如下：

fasterq-dump --split-files  --threads 128 --outdir /home/yangys/data/healthy_pbmc/fastq/SRR8712357 /home/yangys/data/healthy_pbmc/fastq/SRR8712357

解决办法：换解压命令

/home/yangys/pfastq-dump/bin/pfastq-dump --threads 96 --split-files --outdir /home/yangys/data/healthy_pbmc/fastq/SRR8712357 /home/yangys/data/healthy_pbmc/SRR/SRR8712357.sra

有时候--split-files参数也会有影响，可以和--split-3换着测试一下

2.cellranger count报错

解决办法：加上--chemistry=***参数，具体得看数据介绍去确定参数

3.GEO上提供的Original format是bam文件

解决办法：下载bam文件然后用cellranger bamtofastq命令解压

cellranger bamtofastq --nthreads 96 --traceback /home/yangys/data/healthy_pbmc/SRR/SRR17296837.bam /home/yangys/data/healthy_pbmc/fastq/test