Cellranger故障排除

本文介绍了在使用Cellranger过程中遇到的一个常见错误:“[runtime] (failed) ID.***.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.CHEMISTRY_DETECTOR.DETECT_CHEMISTRY”。通过排查文件及参考基因组数据,最终定位到数据缺失问题,并给出了解决方案。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

Cellranger 运行不久,即出现“[runtime] (failed) ID.***.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.CHEMISTRY_DETECTOR.DETECT_CHEMISTRY”

然后终止。

考虑到前不久刚正常运行过的文件也出现此现象,故排查:

文件没有问题。

查阅相关信息发现,此阶段主要是在调用参考基因组,因此检查了一下参考基因组,发现数据缺失了几兆。

重新改过命令即正常。

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