Cellranger故障排除

clayluo

于 2022-12-15 13:15:10 发布

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文章标签：应用

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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/clayluo/article/details/128328598

本文介绍了在使用Cellranger过程中遇到的一个常见错误：“[runtime] (failed) ID.***.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.CHEMISTRY_DETECTOR.DETECT_CHEMISTRY”。通过排查文件及参考基因组数据，最终定位到数据缺失问题，并给出了解决方案。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

Cellranger 运行不久，即出现“[runtime] (failed) ID.***.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.CHEMISTRY_DETECTOR.DETECT_CHEMISTRY”

然后终止。

考虑到前不久刚正常运行过的文件也出现此现象，故排查：

文件没有问题。

查阅相关信息发现，此阶段主要是在调用参考基因组，因此检查了一下参考基因组，发现数据缺失了几兆。

重新改过命令即正常。

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