Cellranger故障排除

最新推荐文章于 2024-07-04 21:02:38 发布
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/clayluo/article/details/128328598
本文介绍了在使用Cellranger过程中遇到的一个常见错误：“[runtime] (failed) ID.***.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.CHEMISTRY_DETECTOR.DETECT_CHEMISTRY”。通过排查文件及参考基因组数据，最终定位到数据缺失问题，并给出了解决方案。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

Cellranger 运行不久，即出现“[runtime] (failed) ID.***.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.CHEMISTRY_DETECTOR.DETECT_CHEMISTRY”

然后终止。

考虑到前不久刚正常运行过的文件也出现此现象，故排查：

文件没有问题。

查阅相关信息发现，此阶段主要是在调用参考基因组，因此检查了一下参考基因组，发现数据缺失了几兆。

重新改过命令即正常。

clayluo
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cellranger化学处理类型报错
**My Coding Family**
07-31 1146
🏆本文收录于《优快云问答解惑-专业版》专栏，主要记录项目实战过程中的Bug之前因后果及提供真实有效的解决方案，希望能够助你一臂之力，帮你早日登顶实现财富自由🚀；同时，欢迎大家关注&&收藏&&订阅！持续更新中，up！up！up！！
cellranger配置环境变量失败怎么办？
Zmonster_ion的博客
09-30 2536
我在下载并解压完cellranger-6.1.1后配置环境变量 export PATH=/home/XXX/XXXX/cellranger-6.1.1:$PATH 根据官网的教程Installing Cell Ranger -Software -Single Cell Gene Expression -Official 10x Genomics Support，下一步应该直接输入 cellranger 以查看是否配置成功，但是报错提示 [User@localhost bin]$ cellra
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2、确认化学版本：确保您使用的是与您的测序实验相匹配的正确的化学版本。错误消息指出，FASTQ 文件 “T_C_5_S32_L4_R1_001.fastq.gz” 在第 0 行出现问题，可能是由于文件格式不正确或未被正确压缩。您可以使用 zcat T_C_5_S32_L4_R1_001.fastq.gz | head 命令来检查文件的前几行，确认它们是否以 ‘@’ 开头。4、重新下载或生成 FASTQ 文件：如果文件确实损坏或格式错误，您可能需要重新从您的测序平台获取或重新生成 FASTQ 文件。
Segmentation Fault错误原因总结
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10x单细胞数据处理各种报错记录
yangyongsan的博客
02-02 1147
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weixin_52660253的博客
08-04 1859
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如何解决unexpected end of file问题 c++很简单的进制转换函数
g710710的专栏
02-24 6383
如何解决unexpected end of file问题：   当你在编译一个MFC工程时，如果出现如上提示，并且你确定你的头文件中的{}都是配套的也没有缺少“;”,你可以在头文件的开头加上如下代码：   #include "stdafx.h"即可解决此问题。 ------------------------------------------------------------------
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Recordarse的博客
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如果测到的细胞数多，但是每个细胞里面的平均reads数少，那么饱和度就不高，反之，饱和度高。但也不是越高越好，背后原理是抽样的原理，到达80%左右就可以代表整个样本。下载命令的某些部分会定期更改，因此复制官网上面的确切命令可能不起作用。Estimated number of cells - 样本测到的细胞数。Mean reads per cell - 每个细胞测到的平均reads。三、对人的参考基因组和注释进行下载和解压（ensembl官网）一、Cellranger以及参考基因组的下载。
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syntax error: unexpected end of file完美解决方案
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用shell编写的一个脚本，执行的时候报错：syntax error: unexpected end of file！ 发生这种报错有两种原因： 第一种： 如果你是用 windows 系统编写的脚本，那么就有可能是 fileformat 类型不同！可能是 fileformat=dos ，那么你需要把格式修改为unix，方法是直接输入 :set ff=unix，输入完成后回车即可看到： filefo...
Cellranger
最新发布
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### Cell Ranger 使用指南 #### 软件安装与配置 下载并完成解压后，文件夹中会包含若干必要的执行文件和文档。为了能够全局调用该工具，需将其路径添加至系统的环境变量中[^1]。验证安装是否成功的命令为 `cellranger count --help`，此操作可以确认 Cell Ranger 是否已正确部署。 #### 基本功能概述 Cell Ranger 是一款专用于单细胞 RNA 测序数据分析的软件套件。其核心功能之一是通过运行 `cellranger count` 对 FASTQ 文件进行处理，生成基因表达矩阵。需要注意的是，这一过程可能耗时较长，具体时间由样本中的细胞数量以及测序深度决定，通常范围从数小时到数天不等[^2]。 #### 高级应用：多 GEM Well 数据分析 对于涉及多个 Gel Bead-in-Emulsion (GEM) wells 的大型研究项目，推荐先针对每个 GEM well 中产生的 FASTQ 数据单独运行 `cellranger count`，随后利用 `cellranger aggr` 将这些结果汇总起来形成最终报告[^3]。以下是实现上述流程的具体方法： #### 实际操作示例 以下是一个简单的脚本模板，展示如何依次运行 `count` 和 `aggr` 功能： ```bash # Step 1: Run cellranger count for individual samples cellranger count --id=sample1 \ --transcriptome=/path/to/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0 \ --fastqs=/path/to/sample1/fastq \ --sample=Sample1Name cellranger count --id=sample2 \ --transcriptome=/path/to/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0 \ --fastqs=/path/to/sample2/fastq \ --sample=Sample2Name # Step 2: Aggregate results with cellranger aggr mkdir /output/aggregation_results cd /output/aggregation_results cellranger aggr --id=combined_analysis \ --csv=/path/to/aggregation.csv \ --reference=/path/to/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0 ``` 其中 `/path/to/aggregation.csv` 应包含如下结构的内容： | sample_id | library_id | |-----------|------------| | sample1 | libA | | sample2 | libB | #### 注意事项 确保所有输入数据均经过严格质量控制，并且参考转录组版本一致以避免潜在错误。 ---
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