Cellranger故障排除

本文介绍了在使用Cellranger过程中遇到的一个常见错误:“[runtime] (failed) ID.***.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.CHEMISTRY_DETECTOR.DETECT_CHEMISTRY”。通过排查文件及参考基因组数据,最终定位到数据缺失问题,并给出了解决方案。

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Cellranger 运行不久,即出现“[runtime] (failed) ID.***.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.CHEMISTRY_DETECTOR.DETECT_CHEMISTRY”

然后终止。

考虑到前不久刚正常运行过的文件也出现此现象,故排查:

文件没有问题。

查阅相关信息发现,此阶段主要是在调用参考基因组,因此检查了一下参考基因组,发现数据缺失了几兆。

重新改过命令即正常。

### Cell Ranger 使用指南 #### 软件安装与配置 下载并完成解压后,文件夹中会包含若干必要的执行文件和文档。为了能够全局调用该工具,需将其路径添加至系统的环境变量中[^1]。验证安装是否成功的命令为 `cellranger count --help`,此操作可以确认 Cell Ranger 是否已正确部署。 #### 基本功能概述 Cell Ranger 是一款专用于单细胞 RNA 测序数据分析的软件套件。其核心功能之一是通过运行 `cellranger count` 对 FASTQ 文件进行处理,生成基因表达矩阵。需要注意的是,这一过程可能耗时较长,具体时间由样本中的细胞数量以及测序深度决定,通常范围从数小时到数天不等[^2]。 #### 高级应用:多 GEM Well 数据分析 对于涉及多个 Gel Bead-in-Emulsion (GEM) wells 的大型研究项目,推荐先针对每个 GEM well 中产生的 FASTQ 数据单独运行 `cellranger count`,随后利用 `cellranger aggr` 将这些结果汇总起来形成最终报告[^3]。以下是实现上述流程的具体方法: #### 实际操作示例 以下是一个简单的脚本模板,展示如何依次运行 `count` 和 `aggr` 功能: ```bash # Step 1: Run cellranger count for individual samples cellranger count --id=sample1 \ --transcriptome=/path/to/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0 \ --fastqs=/path/to/sample1/fastq \ --sample=Sample1Name cellranger count --id=sample2 \ --transcriptome=/path/to/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0 \ --fastqs=/path/to/sample2/fastq \ --sample=Sample2Name # Step 2: Aggregate results with cellranger aggr mkdir /output/aggregation_results cd /output/aggregation_results cellranger aggr --id=combined_analysis \ --csv=/path/to/aggregation.csv \ --reference=/path/to/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0 ``` 其中 `/path/to/aggregation.csv` 应包含如下结构的内容: | sample_id | library_id | |-----------|------------| | sample1 | libA | | sample2 | libB | #### 注意事项 确保所有输入数据均经过严格质量控制,并且参考转录组版本一致以避免潜在错误。 ---
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