R语言绘图——组间差异箱线图图,小提琴图、聚类热力图、相关系数热力图

本文介绍了如何使用R语言进行数据可视化,包括ggboxplot()函数绘制箱线图展示多组间差异,ggviolin()函数绘制小提琴图进行比较,pheatmap()生成聚类热力图反映样本差异表达,以及corrplot用于绘制相关系数热力图展示数据间的相关性。此外,还展示了如何添加P值和显著性差异标记。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

注:本文摘自于公众号:科研生信充电宝,R语言50绘图|50期R语言绘图汇总大合集

箱线图:使用ggboxplot()函数来展示数据在多组间的差异

在做图时:

一般需要根据及以表达结果提取三列信息:

① Type: 样本类型

用作——展示在我们的X轴

用作——展示在我们的颜色填充分组

② Expression:数据大小

  用作——展示在我们的Y轴

例子:根据基因在多组间的差异表达结果,使用箱线图进行展示。

① 设置目录:

#设置工作目录
setwd("") # 注意双\\加入地址

② 导入数据:

#引用包
library(reshape2)
library(ggpubr)
inputFile="input.txt"       #输入
outFile="barplot.pdf"       #输出

#读取输入文件
rt=read.table(
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