Schrodinger 分子形状筛选工具Shape Screen 使用方法

schrodinger的shape screen方法是一种基于ligand的筛选方法。需要提供一个参考分子，和需要筛选的分子库。shape screen可以根据原子类型、药效团对分子的形状相似度进行打分。

shape screen面板

shape screen面板如下：

1. 参考分子来源，可以是文件，也可以是当前工作面板的分子；

2：筛选分子的库来源；

3：打分类型，可以指定原子，药效团，也可以是原子位置；

4：打分过程的更多设置，包括构象，排序等；

5：任务名称；

更多设置面板

更多设置面板如下：

Generate conformers选项：选中则先进行ConfGenX构象生成；其中，Target number of conformers为每个分子最多生成构想数量；

Filter out ligands with similarity below：过滤掉与参考分子相似度低与指定值的分子；

Score in place: 选中则不进行分子align（包括平移和旋转），直接计算相似度；

Sort output structures by decreasing similarity：输出的结果按照相似度下降进行排序；

Similarity normalization：相似度打分归一化方法，最大值，最小值，参考分子，筛选分子；

关于打分，shape screen 方法提供了Typed pharmacophore，Typed atoms， Typed atoms三种方法。

Typed pharmacophore将每一个结构当作是药效团的集合，计算的是相同药效团之间重叠的程度，每一个药效团的大小是2A。

Typed atoms将接结构当作是原子的集合，原子的体积由范德华半径定义，然后计算相同原子类型之间的重合程度，使用的是MacroModel atom 原子类型。

Untyped atoms将结构看作是原子的集合，空间大小是范德华半径定义，但是在叠合的时候不守原子类型的限制。

运行以后，结果保存在shape sim列中。

结果示例

在Typed pharmacophore打分模式下，

结果打分为：0.517

结果打分为：0.411

结果打分为：0.311

药效团相似度相差0.1以上就有明显的差距了，然后相似度再0.5以上可以认为相似，但是完全叠合可能需要在0.8以上，根据具体项目需要具体的值。