Gromacs 2021.5安装教程

安装的版本是：2021.5
安装教程可以参考：https://manual.gromacs.org/documentation/2020/install-guide/index.html#quick-and-dirty-installation

下载：

wget --no-check-certificate https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.5.tar.gz

解压并进入目录：

tar xfz gromacs-2021.5.tar.gz
cd gromacs-2021.5/

创建build目录，并进入：

mkdir build
cd build

查找cuda的目录：

/usr/local/cuda-11.0

查找gcc路径：

/usr/local/bin/gcc

运行cmake命令：DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR参数填写cuda路径

sudo cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=GPU -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-11.0 -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/gcc

注意：gcc版本不能大于10.0，同时cuda版本不建议是用11.0，使用11.3之类的，否则各种报错。

执行检查：

make
make check

安装：

sudo make install

激活：

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

输入：gxm，可以出现如下内容表示安装成功：

可以将gromacs添加到环境中，否则每一次打开新的terminal都需要：

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC