Blockbuster-drug-优快云博客

原创 OpenMM分子动力学模拟06 五种输入直接跑：AMBER/Gromacs/CHARMM/Tinker 体系全兼容

AMBER prmtop、Gromacs、CHARMM、Tinker 四种体系文件直接开跑，附 OpenMM-Setup 图形界面生成脚本，python-examples 六个官方脚本全演示。

2026-11-07 10:00:00 351

原创 MCP实战06：传输实战、测试与部署

你的 MCP Server 写完了，怎么确认它真的能被宿主正确调用？这课给传输层实战三件套：MCP Inspector 可视化调试、协议级自动化测试（pytest 断言 JSON-RPC 报文结构）、stdio/HTTP 双传输部署。测试不是可选项——工具描述错一个字段宿主就调不对，你能给 Server 建起自己的回归测试。

2026-11-07 10:00:00 696

原创经典机器学习实战06：分类入门：数据清洗与平衡（菜系）

菜系分类第一课：亚洲五菜系数据又脏又不平衡，删掉无判别力的通用食材、SMOTE 过采样把 2448 行变成五类各 799 行。这份数据将贯穿后面三课，从分类器横评一直到 ONNX 部署。

2026-11-07 10:00:00 711

原创 OpenMM分子动力学模拟05 第一个 MD 模拟：simulatePdb.py 逐行精讲

官方 simulatePdb.py 逐行精讲：从 PDB 读入、力场加载、体系创建到 Langevin 积分与轨迹输出，十几行代码跑通 villin 一万步，建立 OpenMM 的标准使用姿势。

2026-11-06 17:45:00 562

原创 MCP实战05：第一个 Client 与国产大模型接入

你的 MCP Client 想接国产大模型但不知道端点怎么填？这课给五家实测接入表：DeepSeek、Kimi（裸 /v1 报 404，必须 /coding/v1）、MiniMax（Anthropic 协议非 OpenAI）、GLM、Qwen，每家给 base_url、model id、协议类型与实测结论，配完整 tool-calling 五步链路代码，你能直接换成自己有 key 的那家跑通。

2026-11-06 17:45:00 428

原创经典机器学习实战05：把模型做成 Web 应用（UFO）

模型训好了怎么给别人用？用 Flask + pickle 把 UFO 目击分类器（准确率 0.97）包成 Web 应用：GET 返回页面、POST 返回预测，五行核心代码跑通模型上线的最小闭环。

2026-11-06 17:45:00 795

原创 OpenMM分子动力学模拟04 GPU 加速与五大平台：CUDA mixed 精度是生产默认答案

Reference/CPU/CUDA/OpenCL/HIP 五平台的定位与选档——CUDA mixed 精度是生产默认答案，nvidia-smi 验证占卡，多卡 DeviceIndex 分配，以及 mixed/single/double 三档实测对比。

2026-11-05 17:45:00 343

原创 MCP实战04：环境与第一个 MCP Server（Python）

你想写第一个 MCP Server 但不知道从哪下手？这课用官方 Python SDK 手把手搭最小 Server：FastMCP 三段结构、@mcp.tool() 装饰器、MCP 客户端直连测试。环境用 conda + uv 隔离，全程命令可照抄，跑完你有一个能被宿主调用的真 Server，而不是只看懂了概念。

2026-11-05 17:45:00 428

原创经典机器学习实战04：逻辑回归：预测类别（南瓜）

从回归跨到分类：逻辑回归用 S 曲线预测南瓜是橙色还是白色。实测准确率 0.92、AUC 0.975，并拆解 precision/recall/F1/混淆矩阵/ROC 这套分类评估词汇表，看清白色南瓜召回率只有 0.67 的原因。

2026-11-05 17:45:00 802

原创 OpenMM分子动力学模拟03 安装：Windows 与 macOS：conda 环境跨平台零差别装法

Windows 原生 conda 与 macOS OpenCL 两条安装线，附 WSL2 GPU 透传方案。conda 环境下装好后，后续章节与 Linux 零差别。

2026-11-04 17:45:00 1076

原创 MCP实战03：传输机制：stdio 与 HTTP Streaming

你的 MCP Server 该走 stdio 还是 Streamable HTTP？这课给两种传输的完整对比：本地子进程用 stdio 三行配置接入宿主，网络化部署用 HTTP 端点 + JSON 响应模式。报文怎么跑、会话怎么取消、负载均衡怎么配，配实测抓包级报文示例，你能为自己的部署形态选对传输并写对配置。

2026-11-04 17:45:00 383

原创经典机器学习实战03：线性回归与多项式回归（南瓜）

单特征线性回归 R² 只有 0.045，多项式救不了弱特征，加入品种特征一跃到 0.776。再用 Ridge/Lasso 给 8 次多项式的过拟合上刹车，看清特征工程与正则化各自的真实贡献。

2026-11-04 17:45:00 394

原创 OpenMM分子动力学模拟02 安装：Linux：conda 一条命令装通 GPU 加速的分子模拟环境

一条 conda 命令装好 OpenMM 并验证四平台。本章按官方安装路径复刻加本机实测踩坑——镜像超时、PYTHONPATH 污染、CUDA 版本与驱动匹配、环境 CUDA 漂移，并给出装完后验证 GPU 真被用上的方法。

2026-11-03 17:45:00 779

原创 MCP实战02：核心原语：Tools / Resources / Prompts / Sampling

你写的 MCP Server 到底该把能力暴露成 Tool 还是 Resource？这课给你三种原语的决策表：Tools 模型自动调用、Resources 应用侧挂载、Prompts 人选触发，外加 2026-07-28 已弃用的 Sampling/Roots 该用什么替代。每个原语配最小 JSON 报文，你能照着设计自己的 Server 接口而不再混淆三者边界。

2026-11-03 17:45:00 415

原创经典机器学习实战02：回归入门——环境、工具与数据准备

配好一套全程复用的 conda 环境，用 diabetes 数据集五步跑通第一个线性回归（R² 0.316），再上手 USDA 南瓜真实脏数据：四步清洗 1757 行到 415 行、按蒲式耳归一化价格，学会建模前的可视化侦察。

2026-11-03 17:45:00 280

原创 OpenMM分子动力学模拟01 OpenMM 介绍：一个用 Python 驱动的 GPU 分子模拟引擎

OpenMM 是斯坦福 Pande 组开源的 GPU 分子模拟引擎，Python API 驱动，兼顾应用层开箱即用与库层嵌入开发。本章从两层架构、三种使用方式、与其他引擎的关系讲起，给出这套 35 章大百科的阅读地图。

2026-11-02 17:45:00 295

原创 MCP实战01：MCP 是什么与架构解剖

你给公司写 AI 助手时，同一个"查快递"工具在 LangChain、Dify、自研框架里要写 N 遍？这课用 USB-C 类比讲透 MCP 三角色（Host/Client/Server）与 JSON-RPC 2.0 协议分层，带你逐字段解析 2026-07-28 无状态新规范（无握手、无会话 ID、请求自包含），给你 6 个报文断言全过的结构拆解，你能直接判断自己的项目该不该上 MCP。

2026-11-02 17:45:00 246

原创经典机器学习实战01：导论——是什么、简史、负责任 AI 与标准流程

从规则引擎的破产到机器学习的定义，一趟走完 AI 七十年简史、负责任 AI 六原则与七步标准流程。你将看到 13 维特征让手写规则彻底失效而逻辑回归拿到 98.1%，以及一个整体准确率 85% 的模型如何对少数组近乎抛硬币。

2026-11-02 17:45:00 675

原创 Dify 1.18 本地部署实战：Windows + WSL2 + Docker，从零跑到本地可用

你想在自己电脑上跑一套 Dify：提示词编排、知识库、Agent 流程都放本地，数据不出内网，也不用买云主机。真动手时会卡在四个地方：Windows 的 80 端口被系统占着、默认向量库镜像拉不动、容器起来又反复重启、重启电脑后打不开。本文按动手顺序给一条跑通的路线：WSL2 装 Ubuntu（不需要管理员权限）、Docker 换能用的镜像源、`.env` 只改 4 项、15 个容器全绿、管理员建好，最后附 7 个实测报错和一套开机自启方案。装完你就有了一个能自己建应用、接国产模型、把网页发给同

2026-11-01 17:45:00 845

原创 10 分钟居家信号采集判别睡眠疾病：LRIA 耦合矩阵方法的验证与落地

你要做睡眠呼吸暂停（OSA）筛查，却卡在整夜多导睡眠监测（PSG）这条路径上：床位、设备、技师判读，一晚一个人，排队几个月。这篇 Nature Communications 2026 的方法解读给你另一条路——不做事件级计数，把 10 分钟多通道信号压成一张"耦合矩阵"，直接判正常/轻度/中度/重度四级。它在 5 个队列超过 3.5 万人上做到 92–96% 的 AUROC，比 SleepFM 高 8–18 个百分点。本文给出五队列数据与通道对照表、三处原文自相矛盾的参数口径提醒、一组本机最小测

2026-10-31 17:45:00 398

原创 QupKake 本地部署：Windows 上跑通 micro-pKa 预测，以及 4 处 xTB 版本兼容补丁

Windows 上跑 QupKake micro-pKa 预测，第一步就卡住：它要求 xTB 6.4.1，而 6.4.1 没有 Windows 版。本文给完整路径——conda 环境、xtb 6.7.1 从哪来、输出格式差异的 4 处逐条改法，以及改完后的实测精度（40 分子，MAE 0.898、r = 0.958）；也交代 15/40 位点差异与 18 个分子漏检的真实原因。

2026-10-31 17:45:00 799

原创 AI Agent实践-30 工具调用微调：LoRA 跑通 Qwen，先看该不该微调

进入研究向纵深：当 prompt 优化到头，模型本身能不能更强？本课讲工具调用微调——数据构造三路径、LoRA 全链路（国产基座 Qwen/GLM）、"何时微调 vs 不微调"决策表。动手派可略读，自建模型团队必修。

2026-10-30 17:45:00 691

原创 AI Agent实践-31 从 SFT 到 GRPO：Agent 强化学习到底在训什么

微调是模仿，强化学习是探索。本课讲范式转变（单步 MDP→POMDP）、PPO→GRPO 算法谱系（国产模型的主战场）、RL 进入 Agent 的哪个部位、训练环境与奖励设计。DeepSeek-R1 的涌现故事也在这里。

2026-10-30 17:45:00 764

原创 AI Agent实践-32 Agent 评估比模型难在哪：五大 benchmark 与 pass^k

结业课：先把"Agent 评估比模型评估难在哪"讲透（五大 benchmark、成功率之外的三根支柱、pass^k 照妖镜），再回望 32 课知识地图，最后给个人项目路线建议。本课画上句号，也打开你的下一扇门。

2026-10-30 17:45:00 749

原创 AI Agent实践-28 让 Agent 直接看屏幕点鼠标：CUA 怎么跑，风险在哪

API 之外的最后一块交互疆土：让 Agent 直接操作计算机。屏幕观察-决策-行动循环、与 API 工具调用的本质差异、风险清单。本课是 RPA/数字员工方向读者的入口，也是下一课安全攻击面的最佳靶子。

2026-10-29 17:45:00 533

原创 AI Agent实践-29 提示词注入没有银弹：Agent 攻击面与最小权限防线

阶段 5 收官：Agent 安全。攻击面总览、提示词注入为何无银弹、最小权限模型、密码学回执审计，两个已实测实验（间接注入攻击→双层加固）与第 28 课 CUA 形成攻击-防御连续单元。学完本课，你设计 Agent 时会先画信任边界再写第一行代码。

2026-10-29 17:45:00 717

原创 AI Agent实践-27 Agent 部署三选一：同步 API、异步队列还是长驻服务

流量来了怎么办？部署模式三选（同步 API/异步队列/长驻服务）、扩展四策、本地化运行（数据不出域的完整方案）、沙箱环境与混合路由。追求数据主权的读者，本课给出 2026 年的国产全链路答案。

2026-10-28 17:45:00 789

原创 RFD4-Proteina：解读+实战，流匹配联合生成蛋白序列与全原子结构

你刷到 Baker Lab 与 NVIDIA 联合放出 RFD4-Proteina 的消息，想知道是真跃迁还是又一次换皮发布？这篇把项目页、GitHub、Hugging Face 与预印本 PDF 的一手数字全部核过：约 4.36 亿参数 BSD-3 开源，在 32 维共享潜空间里用流匹配（flow matching）同时生成蛋白序列与全原子结构，覆盖修饰氨基酸、糖、DNA 与 RNA；湿实验端人 TrkA 结合子 158/188 亚微摩尔、lenacapavir 合成连接酶转化率 79%；计算

2026-10-28 17:45:00 1020

原创 AI Agent实践-25 给 Agent 加闸门：五类风险、权限分级与人在回路

系统能跑只是及格线，能被信任才能上线。本课讲三道防线：输出质量（系统消息框架）、威胁图谱五类风险、工具权限分级与 human-in-the-loop 确认闸门，实战给"删数据/改订单"加闸。总纲建议你在第 14 课后提前学本课——边界意识越早越好。

2026-10-27 17:45:00 481

原创 AI Agent实践-26 Agent 上线后看什么：可观测指标、成本三板斧与兜底

上线后的第一课：从黑盒到玻璃盒。gap 清单（稳定性/成本/可观测/恢复/扩展）、该追踪的指标、成本三板斧、离线门+在线眼的评估闭环，实战接入 OpenTelemetry。第 13 课的 token 账本在这里变成线上监控。

2026-10-27 17:45:00 903

原创 Vina-GPU 系列实战测评：版本谱系、加速比口径与 NVIDIA 移植六坑

你想用 Vina-GPU 给 AutoDock Vina 对接提速，先会被两件事拦住：一是网上流传的加速比从 21.66 倍、191.68 倍到 403 倍都有，根本分不清哪个版本对哪个基准；二是源码拿到 NVIDIA 卡上编译能过、一跑就段崩。这篇先逐源核清初代、2.0、2.1 三代的论文口径（403 倍只存在于预印本、191.68 倍是不含主机开销的设备端口径），再给出一台消费级 GPU（12 GB）机器上把 Vina-GPU 2.1 跑通的完整六坑修复记录——从 OpenCL 地址空间限定

2026-10-26 20:22:34 377

原创 AI Agent实践-24 让多个 LLM 住进同一个小镇：涌现行为与失控防控

阶段 4 收官项目：mini 赛博小镇。多个 LLM 角色在共享世界里生活、对话、结盟，你会亲眼看到涌现行为——以及失控。全课围绕失控防控（最大迭代/token 预算/熔断落盘）设计，这是前 23 课能力的综合演练场。

2026-10-26 17:45:00 802

原创 AI Agent实践-23 四个框架做同一件事：AutoGen、MetaGPT、CrewAI 横评

编排思想在四个框架里的不同实现：AutoGen 的 Team、MetaGPT 的 SOP 流水线、CrewAI 的角色声明、OpenAI Agents SDK 的 subagents。同一任务两框架实现对比后你会发现：框架差异小于思想差异，选型看团队口味与生态。

2026-10-24 17:45:00 840

原创 Vina-CUDA 实战测评：CUDA 重写的编译陷阱与四体系同机对照

你想找一个比 OpenCL 移植更快的 Vina 系 GPU 引擎，Vina-CUDA 论文宣称对 Vina-GPU 2.1 还有平均 3 倍的再加速——但 clone 下来会发现仓库默认分支几乎是空的，编译过了又会在 300³ 格点上爆显存。这篇在一台 12 GB 显存的消费级 GPU 机器上把 Vina-CUDA v1.1 从 clone 到四体系基准全流程走通：给出真实存在的代码分支位置、系统 boost 编译补丁、SMALL_BOX 与 LARGE_BOX 的显存边界（附 1u1b 示例

2026-10-24 17:45:00 689

原创 AI Agent实践-22 Supervisor 与 Orchestrator：复刻 mini Deep Research

组织学落地为两种主力编排：Supervisor 串行调度与 Orchestrator-Worker 并行分发。本课深挖 Anthropic 多 Agent 研究系统的八条生产教训，然后亲手复刻 mini Deep Research——本课程项目线的第三级。

2026-10-23 17:45:00 380

原创 Uni-Dock 实战测评：源码编译、四体系基准与批量吞吐验证

本文基于12GB显存消费级GPU实测Uni-Dock v1.2.0，验证其在单配体（1.7–16.5秒）与批量对接（1.04秒/个）下的性能表现，实测加速比为Vina CPU单核的4–7倍（批量达11.9倍）。揭示论文中“千倍加速”源于集群批量与大参数设置，本地单任务仅数倍提升。指出金属原子（CA/ZN）拒收、--gpu_batch语法等关键坑点，并对比conda与源码安装优劣，提供从编译到避坑的完整指南，助力用户评估自研库规模是否值得采用Uni-Dock。

2026-10-23 17:45:00 634

原创 AI Agent实践-20 低代码能搭到哪一步：Dify、Coze、n8n 的边界与锁定风险

代码框架之外的三条路：Dify/Coze/n8n 低代码三平台、WorkBuddy/钉钉/飞书企业 IM 平台。本课讲清"流程驱动 vs AI 原生"的世界观分野、何时选低代码、平台锁定风险，并完成 Dify 知识库 Agent 全流程——非工程师读者的一课

2026-10-22 17:45:00 420

原创 AI Agent实践-21 多 Agent 怎么组织：五种拓扑与四个成败因子

单个 Agent 的天花板到了，进入多体世界。本课讲多 Agent 系统的五种拓扑、四大成败因子（任务划分/上下文传递/结果合并/错误处理）、何时值得上多 Agent。先立组织学，再进下一课的编排实战。

2026-10-22 17:45:00 730

原创 AutoDock-GPU 实战测评：CUDA 编译、四体系基准与版本沿革

你要把 AutoDock 系的虚拟筛选搬上 GPU，第一个撞上的问题往往不是算法，而是编译：官方 README 一句 `make DEVICE=CUDA`，实测会直接报 `cuda.h: No such file or directory`；仓库自带的五个测试体系里还有两个跑不起来。这篇用一台消费级 GPU（12 GB 显存、sm_86）机器从零走完 AutoDock-GPU v1.6 的编译、修坑与测评：给出四体系基准（nrun=200 时 1.3–26 秒，盒子大小主导耗时）、NUMWI=6

2026-10-22 17:45:00 457

原创 QuickVina2-CUDA 与 QuickVina-W-CUDA 实战测评：已知位点加速与盲对接的全场最快

你在 Vina-CUDA 仓库里看到还有两个衍生引擎——面向已知结合位点的 QuickVina2-CUDA 和面向盲对接的 QuickVina-W-CUDA，论文说前者对 GPU 版平均再加速 11.8 倍，但拿到自己机器上该信谁？这篇在同一台 12 GB 消费级 GPU 机器、同一批体系上把两个衍生各测三轮：QuickVina-W-CUDA 全场最快（0.98–6.21 秒，每个体系都压过 Vina-CUDA 约 8–15%）；QuickVina2-CUDA 与 Vina-CUDA 打平（1.

2026-10-22 17:45:00 341

UCSF DOCK 分子对接详细案例（04）-基于RDKit描述符的分子从头设计DOCK-D3N-输入文件.tar.xz

本资料是UCSF DOCK的使用案例分享的输入资料，将使用DOCK 6.11自带的片段库，使用DOCK/RDKit的 DOCK_D3N功能从头设计分子。便于使用者直接从这部分设计工作开始，不需花时间来准备输入文件。

2024-03-03

分子作图、处理、可视化工具chimera-1.17.3-linux-x86-64.bin，Linux版本

分子作图、处理、可视化工具chimera-1.17.3-linux_x86_64.bin，Linux版本。 **UCSF Chimera**是一种用于可视化和分析生物分子结构的计算机程序。它是由加州大学旧金山分校的计算机图形实验室开发的，旨在帮助研究人员更好地理解生物分子的结构和功能。 UCSF Chimera可以用于显示和操纵蛋白质、核酸和其他生物分子的三维结构。它可以从各种来源获取分子结构数据，包括从实验室得到的数据、计算模型和公开可用的数据库。 UCSF Chimera具有强大的可视化功能，可以生成高质量的图像和动画，以展示分子的结构和动态变化。它还提供了一系列工具和功能，用于分析和比较不同分子的结构、计算物理属性以及进行分子对接和模拟等操作。除了基本的可视化和分析功能，UCSF Chimera还支持各种插件和扩展，可以根据用户的需求进行定制和扩展功能。它在生物结构研究、药物发现、生物工程等领域得到了广泛的应用。

2024-03-03

UCSF DOCK 分子对接详细案例（03）-分子从头设计de novo Design.tar.xz

https://bbdrug.blog.youkuaiyun.com/article/details/136388328，案例资料，输入文件。在本实例中，我们将使用DOCK的通用片段库，从头开始为我们的受体构建新的配体：首先，展示通用的Generic de novo design，随后是基于anchor的优化生成De Novo Refinement，最后是基于用户自定义生成片段库的Focused De Novo Design。

2024-03-02

UCSF DOCK分子对接指纹查看python脚本 plot-footprint-single-magnitude.py

配体-受体相互作用中范德华与静电能量分解的指纹footprint查看，适用于DOCK对接结果。输出指纹图片。官网链接打不开时，备用。

2024-03-01

UCSF DOCK 分子对接详细案例（01）输入文件

UCSF DOCK 分子对接详细案例（01）输入文件,可作为案例复现的对照。

2024-03-01

计算化学+分子模拟+分子力场说明文档+TRIPOS，SYBYL

本文档是计算化学分子模拟领域的分子力场说明文档，介绍TRIPOS分子力场，Kollman 分子力场，AMBER分子力场和默克MMFF分子力场。内容包括SYBYL分子力场，原子电荷，能量最小化，分子动力学，扭转能等等物理的能量计算方法以及TRIPOS立场参数生成原理。

2024-02-28

Tripos Mol2 Format File，分子结构 mol2格式文件的详细介绍

文件扩展名 MOL2 有一种文件类型，并且与二种不同的软件程序相关联，但主要相关联软件程序是由 Open Babel development team开发的 Open Babel。通常这些被格式化为 Tripos Mol2 Format File。这些文件大多数被归类为 Data Files。

2024-02-24

分子对接机器学习打分函数GB-score文章

https://doi.org/10.1002/minf.202200135 GB-score: Minimally designed machine learning scoring function based on distance-weighted interatomic contact features All Python codes, PDB IDs for all training and test sets, and Jupyter notebook for repeating this report are provided in GitHub (https://github.com/miladrayka/GB_Score).

2024-02-23

PyMOL-2.5在Linux系统上的版本，用于分子结构展示

PyMOL_2.5在Linux系统上的版本，用于分子结构展示

2024-02-18

rDock Reference Guide.pdf

开源分子对接软件rDock的用户指南文档。rDock可以实现蛋白-配体，RNA-配体的分子对接，也可以用于高通量虚拟筛选，可以在对接过程中加入药效团限定，提高虚拟筛选的命中率。适用于部署在单机或者HPC用于虚拟筛选。

2024-02-17

Pymol-1.8-win-7-64bit

Pymol_1.8_win-7_64bit安装包

2024-02-17

Torque Resource Manager Administrator Guide 6.1.3

torque 6.1.3版本的user guide，详细介绍了torque的安装部署，适用于集群用户的参考，以及排除安装、使用的疑难问题。

2024-02-17

Torque Resource Manager Administrator Guide 5.1.3

torque 5.1.3版本的user guide，详细介绍了torque的安装部署，适用于集群用户的参考，以及排除安装、使用的疑难问题。

2024-02-16

Torque-5.1.3

Torque作为一款开源免费的PBS排队管理系统，被许多使用服务器和集群的小组广泛使用。

2024-02-16

Linux化学结构编辑软件JDRaw

可以在、Linu系统中用来编辑化学结构式，包括2D结构，Markush结构，

2024-02-16

ledock-hts-mod.sh

ledock_hts.sh是基于LeDock，采用GNU Parallel和Slurm，在集群上用来高通量虚拟筛选的脚本，可以部署在单机或者HPC。脚本来源：https://github.com/cemilcansaylan/ledock_hts. 原脚本存在一些typo，使用的话需要做一些调整。调整后的脚本ledock_hts_mod.sh可在此下载。

2024-02-08

这是AlphaFold运行bash脚本更新版本，适用于AF2.1及以后，新脚本名称run-alphafold23.sh

对于AF2.1以后的版本，run_relax 已被models_to_relax替代，为了顺利运行run_alphafold.sh，笔者对 -r 参数做了修改，保持默认对最优输出结构（5个输出中pLDDT最高的1个）做relax（models_to_relax=“best”）。新脚本命名为run_alphafold23.sh，脚本内容、使用方法和脚本使用示例如原文。原文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_40192882/article/details/135993286

2024-02-03

amber-mcp-local

博文从命令行到 Agent：AMBER 分子动力学的 MCP Server 实战配套MCP文件

2026-10-11

af3-mcp-server-优快云

博文通过与Agent聊天调用AlphaFold3：蛋白结构推理预测MCP server的本地配置配套文件

2026-10-11

esp-dnn-sim-pack-20260930

优快云博文：两分子的静电势形貌有多像？ESP-DNN 高精度还原 + espsim，一键计算3D分子ESP相似度附件资料：esp_dnn_sim 安装和使用： https://blog.youkuaiyun.com/weixin_40192882/article/details/166903461

2026-10-05

af3-local-inference

优快云博文配套资料，博文： Agent skill + AlphaFold 3 联用实战：一句人话完成 EGFR 激酶 + 吉非替尼复合物结构预测与晶体对照 https://blog.youkuaiyun.com/weixin_40192882/article/details/166372541?spm=1011.2415.3001.10575&sharefrom=mp_manage_link

2026-10-04

Amber分子动力学模拟12: 共价药物分子模拟-博文复现文件

amber系列博文配套输入输出文件： Amber分子动力学模拟12: 共价药物分子模拟 https://mp.youkuaiyun.com/mp_blog/creation/editor/163834429

2026-09-05

DOCK6-共价对接全脚本化.zip

DOCK6-共价对接全脚本化.zip是UCSF DOCK 分子对接详细案例（06）- 共价分子对接博文配套脚本 https://mp.youkuaiyun.com/mp_blog/creation/editor/164405903

2026-09-06

FEW-补丁-for-AmberTools26.tar.gz

FEW-补丁-for-AmberTools26.tar.gz FEW的补丁文件，博文：Amber 分子动力学模拟20: 自由能工作流程FEW(1)-设置+MMGBSA，https://mp.youkuaiyun.com/mp_blog/creation/editor/156832964

2026-09-06

Amber 16 Reference Manual 官方软件说明书

2025-03-24

Amber16+分子模拟与计算化学的软件+生物分子（如蛋白质、核酸）的动态模拟+药物设计+膜蛋白研究及能量计

Amber16 是一款在分子模拟与计算化学领域广泛应用的软件工具。它广泛应用于生物化学、药物设计、生物分子、生物大分子以及材料科学中的分子动力学模拟和相关计算研究。用途 1. 生物分子模拟：模拟蛋白质、核酸、多糖等生物大分子的动态行为，研究其结构与功能的关系。 2. 药物设计与分子对接：分析小分子药物与生物靶标的结合模式，优化药物设计。 3. 膜蛋白模拟：利用 Lipid16 力场模拟磷脂双分子层，研究膜蛋白的结构与功能。 4. 能量计算与优化：进行能量最小化、自由能计算等，研究分子间的相互作用。 5. 轨迹分析：分析模拟轨迹，计算均方位移、RMSD、RMSF 等参数。 6. 力场转换与扩展：支持多种力场的转换和扩展，例如 CHARMM、AMOEBA。技术关键词 - 分子动力学（MD）：通过数值模拟研究分子在一定时间内的运动。 - 力场（Force Field）：如 Amber 力场、Lipid14 力场，用于描述分子间的相互作用。 - GPU 加速：PMEMD 模块支持 GPU 加速，显著提高计算效率。

2025-03-24

AmberTools17+分子模拟与计算化学+Amber分子动力学软件套件的重要组成部分+用于生物分子和生物大

AmberTools17介绍用途 1. 分子动力学模拟：用于模拟生物分子（如蛋白质、核酸、多糖等）在不同环境下的动态行为。 2. 分子对接：研究小分子药物与生物靶标之间的相互作用。 3. 能量最小化与自由能计算：优化分子结构，计算分子间的相互作用能。 4. 轨迹分析：分析模拟过程中分子的运动轨迹，计算均方位移、RMSD、RMSF等。 5. 氢键分析、键长、键角、二面角计算：研究分子的几何结构。 6. 力场转换：将其他力场（如CHARMM、AMOEBA）转换为Amber格式。 7. GPU加速：从Amber14开始，PMEMD模块支持GPU加速。

2025-03-24

openmpi-1.10.0，是一种开源的高性能消息传递接口（MPI）实现，属于高性能计算技术领域它用于分布式内存系统中的并行计算，支持多种操作系统和网络互联

OpenMPI 是一种开源的高性能消息传递接口（MPI）实现，属于高性能计算（HPC）技术领域。它用于分布式内存系统中的并行计算，支持多种操作系统（如 Linux、Windows、MacOS）和网络互连（如 TCP/IP、InfiniBand）。OpenMPI 广泛应用于科学计算（如天气预报、分子模拟）、工程计算（如流体动力学）和人工智能（如机器学习）等领域。技术关键词：MPI、并行计算、高性能计算、分布式内存、消息传递。内容关键词：科学计算、工程计算、机器学习、多线程支持。

2025-03-24

Amber 14 Reference Manual-官方软件说明书

Amber 14 Reference Manual 官方软件说明书 Amber 14 是一款用于分子模拟与计算化学的软件，其配套的CPPTRAJ工具可用于分析模拟数据，如加载拓扑文件和轨迹文件、指定分析动作、处理轨迹等。CPPTRAJ支持多种分析功能，如计算原子间距离、查看分子信息等，并且可以通过命令行交互或批处理模式运行

2025-03-24

Amber14 是一款用于分子模拟与计算化学的软件它主要用于生物分子（如蛋白质、核酸）的动态模拟、药物设计、膜蛋白研究及能量计算等支持 GPU 加速、QM/M等

Amber14 是一款在分子模拟与计算化学领域广泛应用的软件工具，属于 Amber 系列软件的第 14 个版本。它广泛应用于生物化学、药物设计、生物分子、生物大分子以及材料科学中的分子动力学模拟和相关计算研究。用途 1. 生物分子模拟：模拟蛋白质、核酸、多糖等生物大分子的动态行为，研究其结构与功能的关系。 2. 药物设计与分子对接：分析小分子药物与生物靶标的结合模式，优化药物设计。 3. 膜蛋白模拟：利用 Lipid14 力场模拟磷脂双分子层，研究膜蛋白的结构与功能。 4. 能量计算与优化：进行能量最小化、自由能计算等，研究分子间的相互作用。 5. 轨迹分析：分析模拟轨迹，计算均方位移、RMSD、RMSF 等参数。 6. 力场转换与扩展：支持多种力场的转换和扩展，例如 CHARMM、AMOEBA。技术关键词 - 分子动力学（MD）：通过数值模拟研究分子在一定时间内的运动。 - 力场（Force Field）：如 Amber 力场、Lipid14 力场，用于描述分子间的相互作用。 - GPU 加速：从 Amber14 开始，PMEMD 模块支持 GPU 加速，显著提高计算效率。

2025-03-24

AmberTools14属于分子模拟与计算化学技术领域，是Amber分子动力学软件套件的重要组成部分它主要用于生物分子和生物大分子的模拟与计算研究

AmberTools14介绍用途 1. 分子动力学模拟：用于模拟生物分子（如蛋白质、核酸、多糖等）在不同环境下的动态行为。 2. 分子对接：研究小分子药物与生物靶标之间的相互作用。 3. 能量最小化与自由能计算：优化分子结构，计算分子间的相互作用能。 4. 轨迹分析：分析模拟过程中分子的运动轨迹，计算均方位移、RMSD、RMSF等。 5. 氢键分析、键长、键角、二面角计算：研究分子的几何结构。 6. 力场转换：将其他力场（如CHARMM、AMOEBA）转换为Amber格式。 7. GPU加速：从Amber14开始，PMEMD模块支持GPU加速。

2025-03-24

ucsf-chimerax-1.7.1ubuntu22.04-amd64.deb Ubuntu22版本

UCSF ChimeraX**是一种分子可视化软件，用于在生物科学研究中探索大型分子结构的三维结构和功能。 ChimeraX是UCSF Chimera的继任者，它在之前版本的基础上进行了重写和重新设计，提供了更强大的功能和更直观的用户界面。ChimeraX的主要目标是处理大型分子结构的可视化和分析，尤其是那些在实验中难以观察或理解的复杂结构。 ChimeraX支持多种常见的分子文件格式，包括PDB、MRC、EMDB等。它可以加载和显示分子结构，并提供各种工具和功能来操纵和分析这些结构。用户可以通过旋转、平移和缩放来查看和操纵结构，也可以使用剖面图、表面网格、轮廓和草图等可视化效果来呈现结构的不同方面。此外，ChimeraX还提供了一系列的分析工具，如结构比对、密度图显示、电荷计算和互动式模型构建等。 ChimeraX还支持脚本编程，允许用户通过编写Python脚本来自动化任务和批量处理数据。这使得ChimeraX在高通量计算和大规模数据分析中特别有用。

2024-03-03

chimera-1.17.3-win64.exe 分子作图、处理、可视化工具Windows版本

分子作图、处理、可视化工具chimera-1.17.3-linux_x86_64.bin，Windows版本。 **UCSF Chimera**是一种用于可视化和分析生物分子结构的计算机程序。它是由加州大学旧金山分校的计算机图形实验室开发的，旨在帮助研究人员更好地理解生物分子的结构和功能。 UCSF Chimera可以用于显示和操纵蛋白质、核酸和其他生物分子的三维结构。它可以从各种来源获取分子结构数据，包括从实验室得到的数据、计算模型和公开可用的数据库。 UCSF Chimera具有强大的可视化功能，可以生成高质量的图像和动画，以展示分子的结构和动态变化。它还提供了一系列工具和功能，用于分析和比较不同分子的结构、计算物理属性以及进行分子对接和模拟等操作。除了基本的可视化和分析功能，UCSF Chimera还支持各种插件和扩展，可以根据用户的需求进行定制和扩展功能。它在生物结构研究、药物发现、生物工程等领域得到了广泛的应用。

2024-03-03

ChimeraX-1.7.1.exe 支持Windows 10 和Windows11

2024-03-03

空空如也

TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹

TA关注的人

UCSF DOCK 分子对接详细案例（04）-基于RDKit描述符的分子从头设计DOCK-D3N-输入文件.tar.xz

分子作图、处理、可视化工具chimera-1.17.3-linux-x86-64.bin，Linux版本

UCSF DOCK 分子对接详细案例（03）-分子从头设计de novo Design.tar.xz

UCSF DOCK分子对接 指纹查看python脚本 plot-footprint-single-magnitude.py

UCSF DOCK 分子对接详细案例（01）输入文件

计算化学+分子模拟+分子力场说明文档+TRIPOS，SYBYL

Tripos Mol2 Format File，分子结构 mol2格式文件的详细介绍

分子对接机器学习打分函数GB-score文章

PyMOL-2.5在Linux系统上的版本，用于分子结构展示

rDock Reference Guide.pdf

Pymol-1.8-win-7-64bit

Torque Resource Manager Administrator Guide 6.1.3

Torque Resource Manager Administrator Guide 5.1.3

Torque-5.1.3

Linux化学结构编辑软件JDRaw

ledock-hts-mod.sh

这是AlphaFold运行bash脚本更新版本，适用于AF2.1及以后，新脚本名称run-alphafold23.sh

amber-mcp-local

af3-mcp-server-优快云

esp-dnn-sim-pack-20260930

af3-local-inference

Amber分子动力学模拟12: 共价药物分子模拟-博文复现文件

DOCK6-共价对接全脚本化.zip

FEW-补丁-for-AmberTools26.tar.gz

Amber 16 Reference Manual 官方软件说明书

Amber16+分子模拟与计算化学的软件+生物分子（如蛋白质、核酸）的动态模拟+药物设计+膜蛋白研究及能量计

AmberTools17+分子模拟与计算化学+Amber分子动力学软件套件的重要组成部分+用于生物分子和生物大

openmpi-1.10.0， 是一种开源的高性能消息传递接口（MPI）实现，属于高性能计算技术领域 它用于分布式内存系统中的并行计算，支持多种操作系统和网络互联

Amber 14 Reference Manual-官方软件说明书

Amber14 是一款用于分子模拟与计算化学的软件 它主要用于生物分子（如蛋白质、核酸）的动态模拟、药物设计、膜蛋白研究及能量计算等 支持 GPU 加速、QM/M等

AmberTools14属于分子模拟与计算化学技术领域，是Amber分子动力学软件套件的重要组成部分 它主要用于生物分子和生物大分子的模拟与计算研究

ucsf-chimerax-1.7.1ubuntu22.04-amd64.deb Ubuntu22版本

chimera-1.17.3-win64.exe 分子作图、处理、可视化工具Windows版本

ChimeraX-1.7.1.exe 支持Windows 10 和Windows11

空空如也

UCSF DOCK分子对接指纹查看python脚本 plot-footprint-single-magnitude.py

openmpi-1.10.0，是一种开源的高性能消息传递接口（MPI）实现，属于高性能计算技术领域它用于分布式内存系统中的并行计算，支持多种操作系统和网络互联

Amber14 是一款用于分子模拟与计算化学的软件它主要用于生物分子（如蛋白质、核酸）的动态模拟、药物设计、膜蛋白研究及能量计算等支持 GPU 加速、QM/M等

AmberTools14属于分子模拟与计算化学技术领域，是Amber分子动力学软件套件的重要组成部分它主要用于生物分子和生物大分子的模拟与计算研究