TCGAbiolinks包学习

写在前面

由于别人提醒我TCGA的数据可以利用TCGAbiolinks下载并处理，所以我决定阅读该包手册，主要是该包应该是有更新的，我看手册进行更新了，所以也许这是一个值得学习的包。

学习目的

主要学习如何下载并处理数据，其余的非重点。

GDCquery + GDCdownload +GDC prepare

先查找路径名，而后下载，再将下载的数据读取

query <- GDCquery(
  project = "TCGA-KIRP",
  data.category = "Simple Nucleotide Variation",
  data.type = "Masked Somatic Mutation"
)
GDCdownload(query, method = "api", directory = "maf")
maf <- GDCprepare(query, directory = "maf")

临床数据：GDCquery_clinic

中间遇到的报错

运行b = get.GRCh.bioMart(genome = “hg19”)

下载蛋白质数据

library(TCGAbiolinks)
projects <- getGDCprojects()
projects <- projects$project_id
query.rppa <- GDCquery(
  project = "TCGA-BRCA", 
  data.category = "Proteome Profiling",
  data.type = "Protein Expression Quantification"
)
GDCdownload(query.rppa) 
Proteins <- GDCprepare(query.rppa)
saveRDS(Proteins,file = "tcga_brca_protein.rds")