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最新推荐文章于 2025-07-28 19:10:19 发布

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文章标签：机器学习

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weifanbio/article/details/125479539

研究发现，与乳腺癌亚型和生存结果相关的适应性应激反应（ASR）基因在非裔美国人和白人患者间存在种族差异，这可能影响生存率。通过对TCGA数据的分析，确定了ASR基因在不同亚型中的表达模式，并揭示了这些基因与乳腺癌患者生存的关联，为改善预后提供了潜在的治疗目标。

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TITLE：Adaptive stress response genes associated with breast cancer subtypes and survival outcomes reveal race-related differences
译名：与乳腺癌亚型和生存结局相关的适应性应激反应基因揭示了与种族相关的差异
期刊：Breast Cancer Research Foundation
日期：2022年6月
下载链接：https://doi.org/10.1038/s41523-022-00431-z
在这里插入图片描述

研究介绍：
侵袭性乳腺癌变种，如三阴性和炎症性乳腺癌，导致非裔美国人（AA）患者与白人（W）患者在生存率和临床结果方面存在差异。我们以前发现了抗凋亡蛋白XIAP在调节肿瘤细胞适应性应激反应（ASR）中的主导作用，ASR促进了高增殖、耐药表型。利用肿瘤基因组图谱（TCGA），我们鉴定了46-88个ASR基因，这些基因根据PAM50乳腺癌亚型的不同存在差异表达（2倍变化和调整后的p值<0.05）。平均而言，在所有226个ASR基因中，有20%表现出与种族相关的差异表达。这些基因在细胞周期、DNA损伤反应、信号转导和细胞死亡相关过程的调控中具有功能相关性。此外，23%的差异表达ASR基因与AA和/或W乳腺癌患者的生存相关。这些已确定的基因代表了改善乳腺癌预后和缓解相关健康差异的潜在治疗目标。
研究目的：
调查了XIAP驱动的ASR基因集在乳腺癌亚型中的表达谱，确定了该基因集中与种族相关的差异表达基因，并确定了ASR基因表达与不良生存结果之间的关联。
数据与方法：
数据：
使用TCGAbiolinks R包下载了TCGA存储库中的TCGA RNAseq原始计数数据。下载的 RNAseq原始计数表达数据使用Limma R包针对RNAseq文库大小和分散进行了标准化。采用了以下多变量实验设计：样本定义（主要实体瘤、转移性和实体组织正常）、P