安装生信分析软件之BreakID

一、BreakID 是什么？

BreakID是一种基因组断点预测方法，可以在短时间读取的大规模并行测序数据中以单核苷酸分辨率发现和基因型易位，串联重复，倒位和易位。它使用不一致的读对和拆分读来敏感而准确地描绘基因组重排。
GITHUB链接：BreakID

二、安装

本次安装是在centos7.5上安装BreakID，在安装的过程中有一些小的问题作者没有在README中写出来，导致自己捣鼓了好长一段时间，记录下来，让有需要的人能少走点弯路。也记录下步骤留以后备用。

先按照README.MD中下载所需要的的文件到本地

mkdir nib_files

cd nib_files

rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/ .

gunzip *.gz

wget https://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc35.zip

unzip blatSrc35.zip

下载BreakID

git clone https://github.com/SinOncology/BreakID.git

cd BreakID/

sh install.sh

注意 要修改以下文件内容：

1.CmakeLists.txt 中的gcc path

注意15行以下内容，17-19是我注释掉的，根据本地的gcc 填入path，如果不改路径，编译时会找不到gcc
我是直接将作者的gcc path给注释掉了，打开21-23行，也是我本地的gcc 的path

[root@localhost BreakID]# vim CMakeLists.txt 
	
 13 if (APPLE)
 14     # For Macs, override the paths here
 15 else ()
 16     # to compile in aliyun VM using g++-6.3.0
 17    # include_directories(/mnt/sata3_storage/pipe_app/gcc-6.5.0/bin/include)
 18    # set(CMAKE_CXX_COMPILER "/mnt/sata3_storage/pipe_app/gcc-6.5.0/bin/g++")
 19    # set(CMAKE_C_COMPILER "/mnt/sata3_storage/pipe_app/gcc-6.5.0/bin/gcc")
 20 
 21         include_directories(/usr/include/c++/4.8.5)
 22         set(CMAKE_CXX_COMPILER "/usr/bin/g++")
 23         set(CMAKE_C_COMPILER "/usr/bin/gcc")
 24 

如果修改完了上面的内容，然后使用sh install.sh进行安装还会报出西面的错误

[ 11%] Building CXX object src/CMakeFiles/BreakID.dir/CigarRoller.cc.o
/root/nib_files/BreakID/src/CigarRoller.cc: In member function ‘const char* CigarRoller::getString()’:
/root/nib_files/BreakID/src/CigarRoller.cc:298:20: error: ‘strcat’ was not declared in this scope

2.编辑头文件

上面的错误我是在网上搜到的解决办法，毕竟我不懂C
解决方法：解决头文件的错误

根据上面的报错，找到CigarRoller.cc.o 这个文件，在我这里，这个文件的路径/root/nib_files/BreakID/src

  6 #include <stdio.h>
  7 #include <stdlib.h>
  8 #include <string.h>    # 添加这一行
  9 #include <ctype.h>
 10 #include "CigarRoller.h"
 11 

保存退出之后再次进行sh install.sh进行安装，很快就能安装好了

/root/nib_files/BreakID/src/BreakID.cc:187:23: warning: ‘cluster_start’ may be used uninitialized in this function [-Wmaybe-uninitialized]
Linking CXX executable BreakID
[100%] Built target BreakID
[100%] Built target BreakID
Install the project...
-- Install configuration: ""
-- Installing: /root/nib_files/BreakID/bin/BreakID

[root@localhost bin]# cd /root/nib_files/BreakID/bin
[root@localhost bin]# ls
BreakID
[root@localhost bin]# ./BreakID  -h
 Usage: 
 	 BreakID -i input.bam -o prefix -n nib_folder <options> 

      DESCRIPTION
      	 -h -? -help 	 help
      	 -i*        	 input bam-file
      	 -o*        	 output file (prefix only)
      	 -n*        	 folder name to nib files
      	 -q         	 encompassing reads quality thresholds  [20]
     	 -t         	 distance relative to (sqrt(2)*(insert size mean +3* insert size sd))  [2]
      	 -fast      	 use the fast cluster strategy [default no] 
      	 -all       	 no filter enspan out [default is filter]  

在github上下载一些软件时，要注意作者使用的环境与我们本地的环境是否一致，否则就会很悲剧，浪费了很多的时间~~~