生信软件安装

oriRNA

于 2019-08-09 13:34:04 发布

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分类专栏：编程

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本文详细介绍了如何在WSL Ubuntu 18.04 LTS环境下安装和配置生物信息学工具，包括samtools、bam-readcount和hisat2等。通过一系列的命令行操作，如下载源代码包、解压、依赖库安装、编译和安装，实现了这些工具的本地部署。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

软件安装（WSL ubuntu 18.04 LTS）

wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
bunzip2 samtools-1.9.tar.bz2
tar -xvf samtools-1.9.tar
cd samtools-1.9
sudo apt-get install libbz2-dev
sudo apt-get install zlib1g-dev
apt-get install -y liblzma-dev
make
make install
./samtools

sudo apt-get install build-essential git-core cmake zlib1g-dev libncurses-dev patch

git clone https://github.com/genome/bam-readcount.git

cd bam-readcount/

cmake -Wno-dev

sudo apt install hisat2