生信分析常用软件记录

20190727，在学习二代分析的过程中，只是根据别人已经建好的轮子照抄照搬，并不能真正理解每一步为什么要用这个软件，以及软件之间的区别。因此今天记录一些生信分析过程（主要是二代测序）中常用的软件，若有时间去查看一下每个软件的功能、官方介绍和算法等。

不按顺序的杂乱记录
sd linux安装软件
R, tanperl5lib, augustus-3.3.2, bamtools-2.4.2, bedops_linux_x86_64-v2.4.36, bismark_v0.22.1,

boost_1_69_0, bowtie-1.2.2-linux-x86_64, BRAKER-2.1.2, circos-tutorials-0.67, clinEff-notinstalled,

cmake-3.13.4-Linux-x86_64, cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64, GapCloser-v1.12-r6, geneid-1.4.5,

GeneMark-ET-4.38, GFF3toolkit-1.4.4, gfftools-6bde56e, GlimmerHMM-3.0.4, lastz-1.04.00,

mauve_snapshot_2015-02-13, MUMmer3.23, mummer-4.0.0beta2, NGSQCToolkit_v2.3.3,

ngs-tools-master, novocraft-3.09.02, orthomclSoftware-v2.0.9, picard-tools-1.124, Quake,

RepeatMasker-4.0.8, rmblastn-2.2.28, snpEff_latest_core, snpEff-4.2, snpEff-4.3t, SOAPdenovo2-src-r240,

sratoolkit.2.9.2-centos_linux64, STAR-2.7.0e, stringtie-1.3.5.Linux_x86_64, tophat-2.1.1.Linux_x86_64