R语言计算相关性和p-values

十光@夏天

已于 2022-09-29 12:37:28 修改

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文章标签： r语言开发语言数据挖掘

于 2021-08-23 23:04:19 首次发布

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_45577825/article/details/119879811

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本文介绍了如何使用R语言计算不同变量之间的相关系数，并通过rcorr函数获取p-values，展示了从单个站点到多个站点数据处理的详细步骤，最终将结果保存为CSV文件。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

title: R语言计算相关性和p-values
date: 2021-08-21 23:45:52
tags:

#R语言计算相关性和p-values

setwd('C:/Users/LHW/Desktop/')
data <- read.table("clipboard",sep="\t",header = T)

site_list<-unique(data$site_name)

#计算相关系数
test<-data[data$site_name==site_list[1],]
test<-test[,2:length(test)]
cor_temp<-cor(test)
t<-cor_temp[2,]
#colnames(t)[1]<-site_list[1]
t1<-cor_temp[dim(cor_temp)[1],]
#colnames(t1)[1]<-paste('detrended',site_list[1])  

ini1<-t
ini2<-t1
for (i in 2:length(site_list)) {
  print(i)
  test<-data[data$site_name==site_list[i],]
  test<-test[,2:length(test)]
  cor_temp<-cor(test)
  t<-cor_temp[2,]
  #colnames(t)[1]<-site_list[i]
  t1<-cor_temp[dim(cor_temp)[1],]
  #colnames(t1)[1]<-paste('detrended',site_list[i])  
  ini1<-cbind(ini1,t)
  ini2<-cbind(ini2,t1)
}

colnames(ini1)<-site_list
colnames(ini2)<-site_list

write.csv(ini1,file="gentoo_corr.csv")
write.csv(ini2,file="detrend_gentoo_corr.csv")


#计算显著性水平
setwd('C:/Users/LHW/Desktop/')
data <- read.table("clipboard",sep="\t",header = T)

site_list<-unique(data$site_name)
library(Hmisc)

test<-data[data$site_name==site_list[1],]
test<-test[,2:length(test)]
test<-as.matrix(test)
cor_temp<-rcorr(test)$P
t<-cor_temp[2,]
#colnames(t)[1]<-site_list[1]
t1<-cor_temp[dim(cor_temp)[1],]
#colnames(t1)[1]<-paste('detrended',site_list[1])  

ini1<-t
ini2<-t1
for (i in 2:length(site_list)) {
  print(i)
  test<-data[data$site_name==site_list[i],]
  test<-test[,2:length(test)]
  test<-as.matrix(test)
  cor_temp<-rcorr(test)$P
  t<-cor_temp[2,]
  #colnames(t)[1]<-site_list[i]
  t1<-cor_temp[dim(cor_temp)[1],]
  #colnames(t1)[1]<-paste('detrended',site_list[i])  
  ini1<-cbind(ini1,t)
  ini2<-cbind(ini2,t1)
}

colnames(ini1)<-site_list
colnames(ini2)<-site_list

write.csv(ini1,file="gentoo_pvalues.csv")
write.csv(ini2,file="detrend_gentoo_pvalues.csv")