ggplot火山图的绘制(volcano plot)

本文详细介绍如何使用R语言的ggplot2包绘制火山图,展示基因表达数据中的显著变化。通过设置阈值筛选出差异表达基因,并用不同颜色标记,便于视觉区分。同时,文章提供了完整的代码示例和数据矩阵样本。
library(ggplot2)
volcano<-subset(data,select = c(Pvalue,Foldchange))
threshold<-as.factor((log2(volcano$Foldchange)>1.5|log2(volcano$Foldchange)<(-1.5))&volcano$Pvalue<0.05)
r03=ggplot(volcano,aes(log2(Foldchange),-log2(Pvalue),colour=threshold))+geom_point()
r04=r03+labs(title="Volcanoplot")+theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))+xlim(-10,10)
r05=r04+geom_vline(xintercept=c(-1.5,1.5),linetype="dotted",size=1)+geom_hline(yintercept=-log2(0.05),col="blue")

 

 


 

火山图
火山图

用于绘制火山图的数据矩阵(节选)
基因名PvalueFoldchange
ENSG000000000030.8681341219876621.2
ENSG000000004570.2560068727215371.47826086956522
ENSG000000009710.9327363068729950.961486486486487
ENSG000000010840.5121345164993270.555555555555556
ENSG000000011670.1752134315162650.291666666666667
ENSG000000016170.3315308229744471.58441558441558
ENSG000000016300.4075638176737910.588235294117647

 

 

 

 

 

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