如何用ggVolcano包画出简单火山图

作为一名自来水用户，翻到了大佬自创R包画火山图，真正实现了一行代码画出火山图。👍👍👍

我花了10分钟学会了如何用，那就再花30分钟写一篇如何用吧。以此向大佬致敬。

一、安装和试用

#install.packages("devtools")
devtools::install_github("BioSenior/ggVolcano")

先直接用
devtools::install_github(“BioSenior/ggVolcano”)
安装试试，如果安装报错或安装不上，把devtools安装上，即运行install.packages(“devtools”)
如果还有问题，那么就需要自行百度根据具体问题具体解决了。

安装成功后，运行

library(ggVolcano)

## basic example code
# load the data
data(deg_data)

# use the function -- add_regulate to add a regulate column 
# to the DEG result data. 
data <- add_regulate(deg_data, log2FC_name = "log2FoldChange",
                     fdr_name = "padj",log2FC = 1, fdr = 0.05)

# plot
ggvolcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",
          label = "row", label_number = 10, output = FALSE)

这四步都能运行出来，那么恭喜你距离成功又进了一步。

二、使用细节
写前我不得不多说一句。
其实作为用户，一般报错都是因为细节没注意到位，或者说是，没有按照R包的说明来使用R包
进入正题。
画图前你肯定有这么个数据集。

我这个是csv格式的文件，其实不论有几列，用这个R包画火山图的核心在于有ID列（即基因名），log2FoldChange列和padj列，其他的有没有都不重要。

1. 读取数据集

data1 <- read.csv('user_ 4M _vs_ CK .csv')

#txt格式的就用
#data1 <- read.table("all_counts.txt",header = T)

2. 用add_regulate()函数添加regulate列，判定基因属于Down，Normal还是Up

data <- add_regulate(data1, log2FC_name = "log2FoldChange",
                     fdr_name = "padj",log2FC = 1, fdr = 0.05)

这里我觉得只有一个细节值得说，就是log2FC_name和fdr_name这两个引号里的内容是你的原数据里对应的列名。如果一样就照搬代码；如果不一样，比如有些"log2FoldChange"，在原数据里写的是”log2FC“，那么这里的代码就是log2FC_name = “log2FC”，或者更推荐的办法是直接进入原数据，把对应列名改成"log2FoldChange"。

3. 画图

ggvolcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",label="ID",
          label_number = 0, output = FALSE)

这里的label是根据个人数据的基因列名改的，我的是"ID"；
label_number = 0，我设成了0，因为我不需要在火山图里展示基因名，这里的数字个数就是展示的基因名个数。

稍微改动，换个颜色

ggvolcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",label="ID",
          label_number = 0, output = FALSE,
          fills = c("#357EBDFF", "#B8B8B8FF", "#D43F3AFF"),
          colors = c("#357EBDFF", "#B8B8B8FF", "#D43F3AFF"))

颜色顺序从左到右对应的是Down，Normal和Up.
成图如下：

4. 其他细节

换图例位置，用（但是换到哪都是在图内显示）

legend_position	#the position of legend. You can choose one from "UL" – Up Left, "UR" – Up Right, "DL" – Down Left, "DR" – Down Right

可以改x或y轴名称，图例名称，点的大小和性状

pointSize	size of the point.

pointShape	shape of the point.

x_lab	label of x-axis.

y_lab	label of y-axis.

legend_title	title of the legend.

这些都是查看函数的帮助信息看到的，直接运行👇看更多细节调整

？ggvolcano

但是好像无法直接改横纵坐标的尺度，比如x轴，当下是0，5，10。我想改成0，2，4，6，8，10该如何改动呢。

5. 遇到过的报错/警告

① 一个报错

Error in data$label[order(data$y)[1:label_number]] <- data$geneName[order(data$y)[1:label_number]] : 
  replacement has length zero

这里是由于label = “row”，没改成我的列名，label=“ID”

② 一个警告

Warning message:
ggrepel: 9 unlabeled data points (too many overlaps). Consider increasing max.overlaps 

这里是由于我的基因名太长，导致展示时有很多重叠，所以有个Warning，我把abel_number 设成0就没有警告了。其实不管也不影响图的输出。

写完了，其实使用还是非常简单的，按照作者的教程来就行。更多高阶用法看原博主
再肝一个R包！一行代码绘制精美火山图！
如果大家还遇到什么报错，欢迎补充和描述最后的解决办法。
最后，致敬大佬，感谢大佬🍻