R语言报错 | Error in scan(file = file）， line 5503 did not have 12 elements

一般是读取txt文件的时候遇到上述问题，原因是读取table的时候，不同的行有空格，导致列数不同，无法对齐。

Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, :
line 5503 did not have 12 elements

解决方法一般有三步：
（1）跳过注释行。

probe_test<-read.table("GPL5175-probe-annonation.txt",comment.char = "#") 
#这里使用参数comment.char

#ID = Unique identifier for the transcript cluster
#GB_LIST = GenBank and RefSeq Accessions from mrna_assignment column
#SPOT_ID = genomic location of the transcript cluster in the version of the genome assembly used at annotation time. Coordinates are standard 1-based (length=stop-start+1).
#seqname = chromosome number
#RANGE_GB = NCBI RefSeq for chromosome of current build
#RANGE_STRAND = strand (+|-)
（如上就是注释行，一般以#开头）

（2）设置分隔符。

probe_test<-read.table("GPL5175-probe-annonation.txt",comment.char = "#",sep = "\t") 
#添加`sep`参数

一般sep规定读取文件的时候，用什么分割，作为一列。这里我们根据我们文件的实际情况，选择tab键作为分割。

（3）填充空白项。

#如果上述依然不能解决问题，最重要的就是下面这一步
probe_test<-read.table("GPL5175-probe-annonation.txt",comment.char = "#",sep = "\t",fill=TRUE) 
#对fill参数进行设定

（4）规定用NA进行填充空白字符。

接下来如果想要更好，就是用NA来填充空白字符。

probe_test<-read.table("GPL5175-probe-annonation.txt",comment.char = "#",sep = "\t",fill=TRUE,na.strings = "")

以上，就是解决上述问题的三（四）步骤。

补充：如果这个时候还报错（warning），就要进行第五部。
Warning message:
In scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, :
EOF within quoted string

（五）quote=“”

probe_test<-read.table("GPL5175-probe-annonation.txt",comment.char = "#",sep = "\t",fill=TRUE,na.strings = "",quote="")

即可解决问题。