植物SNP数据下载链接

最新推荐文章于 2022-11-12 19:27:25 发布
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博客提供了苜蓿（Medicago truncatola）的相关资源链接http://www.medicagohapmap.org/downloads/mt40 ，还提及大豆，有对302个野生和栽培品种重测序以确定与驯化和改良相关基因的研究，以及该研究的资源链接https://figshare.com/articles/Soybean_resequencing_project/1176133 。

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原始数据上传 NCBI最新攻略（扩曾子）
醉月伐桂戏嫦娥的博客
07-07 4325
写在前面：大家发表文章或者储存数据等，可能会用到NCBI。那么，到底怎么上传呢？初传着可能会碰到各种疑问，可能试了好多次，无果，咨询同门仍是无果，大家涉及的内容有动植物微生物等，转录组、基因组等等不一，方法也不尽相同。为了避免多走弯路，下面就给大家介绍一下扩曾子数据上传NCBI的步骤： 1.打开网站，找到提交处，并注册登录 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 登录后，新提交 第一步 第二步 第三步 第四步：可能是最麻烦的一步 示例EXCEL 之后，点继续下一步，同样下载示例，修改填
基于深度生物学引导辅助学习的多模态数据整合和插补来改进基因型-表型预测
最新发布
jiaxiaovi的博客
08-12 827
基于深度生物学引导辅助学习的多模态数据整合和插补来改进基因型-表型预测
SNPRelate：R软件包：用于SNP数据的相关性和主成分分析的并行计算工具集（开发版本）
02-05
SNPRelate：R软件包：用于SNP数据的相关性和主成分分析的并行计算工具集（开发版本）
千人基因组计划数据库下载某段区域SNP
weixin_33978044的博客
09-08 1707
下载vcf文件： 方法一：进入ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/，直接下载相应染色体的vcf 方法二：进入http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/DataSlicer 假定要寻找“6:133098746-133108745”这段距离的SNP数据，“6”表示...
植物科学常用数据库和生物信息学工具2020
qq_44520665的博客
01-14 1万+
转载于公众号:Mol Plant植物科学 通用数据库 http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/ 国家基因库下属数据库，涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 美国国家生物技术信息中心的生物医学和基因组信息门户网站 https://www.oxfordjournals.org/nar/database/cat/13 牛津大学出版社提供的植物科学相关数据库的汇总网站 http://abc.gao-lab.org/ind
植物博客css网站模板下载
04-01
植物博客css网站模板下载
snpCLIP:snp过滤工具
06-16
剪辑剪辑 SNPCLIP 允许研究人员根据一组统计计算对 SNP 数据集进行过滤。 然后用户可以将数据集输出为 SAGE 格式以供进一步处理。 目前，SNPCLIP 允许研究人员根据缺失、等位基因频率、成对连锁不平衡和基因组图区域进行过滤。 1.1 限制 SNPCLIP 目前支持在每个位置具有两个等位基因（或缺失值）的 SNP。 SNPCLIP 的内存使用已针对 SNP 数据的使用进行了优化。 内部数据格式与PLINK 类似。 作为其效率的一个例子，该程序可以仅使用 50 MB 的 RAM（Hapmap 阶段 3 数据）存储超过 162 个个体的 19K SNP。 1.2 理论 1.2.1 降维 降维是一个术语，用于描述对数据集的过滤，以便只保留相关数据。 SNPCLIP 通过使用提供的任何可用过滤器（缺失、等位基因频率等）来减少数据集的维度。 通过减少数据集的维度（在这种情况下，SNP
GATK全基因组植物SNP调用管道的步骤指南
然而，由于GATK的基本原理和操作方法在多种物种的基因组分析中都是通用的，因此同样可以应用于全基因组植物SNP的调用。 根据提供的文件信息，可以提取出以下几点重要知识点： 1. SNP calling的基本概念： - SNP是...
RNA-seq Review：RNA-seq数据分析
cfc424的博客
11-08 1万+
文献：RNA-seq数据分析最佳实践调查 本次阅读Genome Biology杂志2016年Online的RNA-seq数据分析方法的Review论文，题目为： A survey of best practices for RNA-seq data analysis 本文翻译来自该文章。 RNA是基因组和蛋白组的中间体，因此转录本的鉴定和定量是重要的生物学问题。该论文综述了RNA-seq项目中相关的各个步骤、每个步骤的局限、和其他组学的整合以及展望。 Note ： 从摘要中可以发现本文综述分为两部分（1）现
国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA
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sisichen
04-25 1万+
在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国国立生物技术信息中心（NCBI）、欧洲生物信息学研究所（EBI）、日本核酸数据库(DDBJ)，现在中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心 (CNCB-NGDC)—中国的 "NCBI" 已经建立并日渐完善。组学原始数据归档库（GSA）是组学原始数据汇交、存储、管理与共享系统，是国内首个被国际期刊认可的组学数据发布平
【GWAS文献】基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因
dibiao4034的博客
12-09 1251
Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名：基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志：nature biotechnology影响因子：41.514发表时间：2...
新版TCGA的突变数据SNP下载和整理
医学和生信笔记的博客
11-12 9636
关于包的学习前面一共介绍了5篇推文。今天继续学习如何使之前的TCGA的MAF文件是可以下载的，每个癌症包含4种软件得到的突变文件：后来就改版了，不让你随便下载了。但其实还是可以下载的，只不过没有那么多选择了！现在的情况是每个样本都是一个单独的maf文件，需要下载后自己整理，就像整理表达矩阵那样。
如何下载、选择dbSNP数据库的变异位点vcf文件（hg19/hg38）
qq_43722079的博客
04-10 1万+
创作日志： 下载的增强子数据文件里，没给增强子中包含的SNP信息，所以要自己写脚本补充。本来是想通过爬虫的方法在dbSNP的网站上边爬取边补充，但是谁知道dbSNP的搜索功能做得那么垃圾！于是就只能下载dbSNP的变异位点文件，然后再自己做处理。 当我经历了九九八十一难终于下载并解压好了120+G的vcf文件后，打印信息的时候tmd发现自己下载错了版本，我要用的是hg19，却下载成了hg38，欲哭无泪… 文件名不标版本真的很气人。于是读了读README文档，谁让以前不读呢。 具体步骤 注意：由于下载的v
Variation calling and annotation
weixin_33849215的博客
05-26 192
Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 本文摘自《Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes rel...
postgwas r语言_笔记 | GWAS 操作流程1：下载数据
weixin_31947509的博客
12-30 1564
这里，总结一下GWAS的学习笔记，GWAS全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择(MAS)或者基因定位，这次学习的教程是plink做GWAS，plink是个很好的软件，但是之前做GWAS都是使用R包，听说plink和EMMAX做GWAS更快，更好，更容易写出pipeline。就利用网上的信息写一个操作笔记，先操作plink，然后是EMMAX，有一些模型知识的同...
【数据库-3】dbSNP数据库
Doris_xixi的博客
11-19 1万+
欢迎关注公众号：oddxix 1.dbSNP简介 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ 单核苷酸多态性数据库dbSNP(dbSNP, The Single Nucleotide Polymorphism Database）是由NCBI与人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute）合作建立的，收录了SN...
如何下载生物数据（三）：GATK数据下载
xxxie_的博客
08-28 6029
欢迎订阅WX众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！ 基因学苑Q群：32798724 当前做人相关的基因组分析，包括全基因组WGS，全外显子WES以及目标区域测序TRS，基本上都采用GATK标准的Best Practise最佳实践指导。人的基因组分析与其他物种稍微有一些不同，处理下载参考序列，还需要下载已有信息，例如各种人类基因组计划累积的变异信息，这些信息可以用于先验的学习集，提高变异检测的准确性...
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