BLAST - 序列数据库搜索

最新推荐文章于 2024-02-21 21:11:57 发布
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文章标签： 数据库
本文介绍了生物信息学中Blast比对的基本概念及其重要性。通过北大生物信息公开课的学习资源，初学者能够快速掌握序列数据库搜索的方法，特别是BLAST算法的应用。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

我生信入门，老师就要求我学好blast比对，说得也确实是很有道理，是个人都知道比对是最基本的东西，现在再想想那老师的建议，也只能呵呵一笑。

北大生物信息公开课有一章专门讲得序列数据库搜索，可以好好看看，快速入门。

序列数据库搜索

 

 

BLAST算法

Basic Local Alignment Search Tool

 

BLAST使用

生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明_生物信息学blast
04-16 1677
Blast有多种版本和用途，最常见的是基于Web的Blast和本地安装的Blast程序。Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是Basic Local Alignment Search Tool。这里使用linux版本，直接下载二进制的程序，注意如有报错，请按报错配置好gcc等依赖环境即可（一般是gcc版本问题）。Blast的使用流程一般为输入一个查询序列，与数据库中的序列进行比对，输出比对结果。
NCBI Genbank核苷酸序列数据库检索基因序列解读
Jinyang_csdn的博客
03-09 2万+
核酸数据库 Genbank数据库=Nucleotide数据库 （一）基因序列注释内容解析 以dut基因编码的大肠杆菌酶dutpase为例；在Nucleotide数据库search X01714或者dutpase，检索链接https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/x01714；得到以下信息。 1.Locus Locus：编号 长度 分子类别 基因拓扑类型...
轻松理解BLAST搜索原理
weixin_46432623的博客
04-14 9911
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool 基于局部比对搜索工具 （基于北京大学的生物信息学课程总结） 序列比对一般使用动态规划算法 (Simith-waterman 算法) 来实现， 对于两两比对(pairwise-alignment)而言，大O时间为Cmn (c为常量，表示单位操作时间， m， n分别为序列长度)。 如果使用动态规划算法比对数据库中的每一条...
Blast安装及使用-Blast+2.14.0（bioinfomatics tools-001）
weixin_44874487的博客
02-21 8711
BLAST一般在国内生物信息学专业教材中数据库和序列比对相关章节，并且众多生物化学和分子生物学教材中基因组与比较基因组学相关内容也已单独成章。通过测序获得基因、甚至基因组序列，也已成为分子生物学实验室的常规实验方法。
报错BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database[db] in search path的可能原因
keepaware的博客
07-26 1万+
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [db/dbname] in search path的可能原因
blast-2.2.26-x64-linux
06-23
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一种高效的序列比对工具，用于快速查找数据库中与查询序列具有高度相似性的序列。标题中的"blast-2.2.26-x64-linux"表明这是...
blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz
02-02
BLAST是一款生物信息学工具，主要用于比较和搜索核酸或蛋白质序列，帮助科研人员在大规模序列数据库中寻找相似性。 BLAST软件由美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发，是生物信息学领域最常用的工具之一。它的核心...
ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux .tar.gz
11-18
BLAST的核心功能包括快速的序列比对算法，能够在海量序列数据库中搜索相似片段。这一版本的BLAST提供了多个子程序，如blastn（用于DNA-DNA比对）、blastp（用于蛋白质-蛋白质比对）、blastx（用于DNA到蛋白质的翻译...
ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz
04-21
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一种序列比对工具，用于快速查找数据库中与给定序列具有高度相似性的序列。NCBI BLAST 2.6.0+是该软件的最新版本，专为64位...
生物信息学导论-北大-序列比对-序列数据库搜索
陆沙的博客
01-11 991
生物信息学中的序列比对
Blast 几种方法的具体用法以及含义
m0_50889751的博客
08-28 4197
Blast 方法
【实用教程】本地blast使用及简单python脚本辅助
Eumenidus的博客
03-24 8014
如何简单快速使用本地化blast进行检索
本地blast建库显示文件不存在
Cdsemp的博客
02-28 1159
BLAST报错
BLAST数据库搜索
wangprince2017
09-04 1407
python使用集合实现筛选法求素数-Python实现筛选法求素数
weixin_37988176的博客
11-01 5866
计算素数的一个方法是埃氏筛法，它的算法理解起来非常简单：首先，列出从2开始的所有自然数，构造一个序列：2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, ...取序列的第一个数2，它一定是素数，然后用2把序列的2的倍数筛掉：3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 1...
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03-10 4万+
NCBI BLAST是最常用的短序列局部比对软件之一，学习一下软件参数，并这记录一下我的软件操作的命令行。 NR 库分割参考Gu Kai老师的笔记：http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/673 1. 软件版本 我部署在服务器上的是version 2.8.1 ，因为其支持物种注释以及分割的NR子库的索引作为比对的库，使用比较方便，但...
序列搜索 oracle,oracle序列详解
weixin_35706255的博客
04-16 246
序列: 是oacle提供的用于产生一系列唯一数字的数据库对象。序列是一个计数器,一般用来填充主键和计数,51); font-family:宋体; line-height:21.6px">利用它可生成唯一的整数。一般使用序列自动地生成主码值。一个序列的值是由特殊的Oracle程序自动生成，因此序列避免了在应用层实现序列而引起的性能瓶颈。Oracle序列允许同时生成多个序列号，而每一个序列号是唯...
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ipllt
11-28 3627
索引是建立在数据库表中的某些列的上面，是与表关联的，可提供快速访问数据方式，但会影响增删改的效率；常用类型（按逻辑分类）：单列索引和组合索引、唯一索引和非唯一索引。   什么时候要创建索引 （1）在经常需要搜索、主键、连接的列上 （2）表很大，记录内容分布范围很广 （3）在经常需要根据范围进行搜索的列上创建索引，因为索引已经排序，其指定的范围是连续的 （4）在经常使用在WHERE子句中...
最新版BLAST+的本地化-BLAST2.2.28+单机运行（第六次修改）
bigdataage的专栏
06-05 2320
最新版BLAST+的本地化-BLAST2.2.28+单机运行（第六次修改） http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600
psi-blast数据库
最新发布
01-31
### PSI-BLAST 相关的数据库资源介绍 PSI-BLAST（Position-Specific Iterated BLAST）是一种迭代式的BLAST算法，能够更敏感地检测远缘同源关系。为了支持这种高级功能，多个数据库和服务提供了必要的数据和工具。 #### 1. NCBI 数据库及其FTP站点 国家生物技术信息中心(NCBI)提供了一系列可搜索的数据库，这些数据库可以在其网站上访问，也可以通过FTP下载[^2]。对于希望使用预格式化版本而非原始FASTA文件的研究人员来说，这尤其有用。这类数据库不仅体积较小，而且包含了每条序列对应的分类学信息以及索引标识符，有助于提高查询效率。 #### 2. TMBASE 跨膜蛋白数据库 虽然TMBASE主要是一个专注于跨膜蛋白质的数据集合[^1]，但它同样可以作为PSI-BLAST分析的一个潜在目标库之一。特别是当研究涉及特定类型的膜结合分子时，这个专门化的资源可能特别有价值。 #### 3. Entrez检索服务中的PDB结构数据 除了上述提到的一般性序列数据库外，来自NCBI Entrez系统的三维结构记录也值得考虑[^3]。尽管这不是直接针对PSI-BLAST设计的服务，但在进行进化保守区域预测或其他基于结构的功能推断时，此类资料能起到辅助作用。 ```python from Bio.Blast import NCBIXML result_handle = open("psi_blast_results.xml") blast_records = NCBIXML.parse(result_handle) for record in blast_records: for alignment in record.alignments: title = alignment.title[:80] print(f"Title: {title}") ``` 此Python脚本展示了如何解析由PSI-BLAST产生的XML输出文件，并提取其中的部分信息。
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