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RSS订阅原创 Linux系统下最好用的编辑器samba
曾几何时，linux下编写python脚本，无数次被缩进及拼写错误而浪费时间，故测试了众多号称linux下好用的编辑器，均不得志。蓦然回首，发现samba真香。具体做法不表，Samba安装及配置文章多如牛毛，简略步骤如下：安装samba并配制，无非就是yum install samba*， 修改/etc/samba/smb.conf配置文件，创建samba同名用户，启动smb和nmb服务等将samba共享文件夹映射到windows下某个盘接下来就可以用任何编辑器打开你linux下的脚本文件了，鄙人
2021-06-28 15:13:42
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原创 获含有某关键字的特定进程号
由于ps -ef 或 ps aux不是以tab分隔符进行输出,所以不能通过cut -f来获取进程号.ps命令参数含义:a参数: 显示现行终端机下的所有程序，包括其他用户的程序。u参数: 以用户为主的格式来显示程序状况。x参数: 显示所有程序，不以终端机来区分。ps -e 此参数的效果和指定"A"参数相同。ps f 用ASCII字符显示树状结构，表达程序间的相互关系。但可以通过awk命令来获取进程号,比如我的命令中有关键字pfam,可以通过下面命令获取含有pfam的进程号:ps aux | g
2020-09-27 08:41:26
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原创 Python中pymysql模块使用解析
Python中pymysql模块使用解析:首先强调的是模块使用的步骤是:1. 创建连接(pymysql.connect(主机,用户,密码,数据库,字符集,端口))2. 创建游标 conn.cursor()和准备sql语句(增删改查)3. 执行语句 (execute)4. 提交事务(commit),注意mysql的引擎是innoda还是myisam5. 关闭游标(cursor.close)和关闭连接(conn.close)建议: 增删改的记录最后写进日志文件.另外要强调是: mysql中带引号
2020-07-28 12:14:47
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原创 学习笔记(07):程序员的数学：线性代数-矩阵的加法、乘法、转置
编程的基础是计算机科学，而计算机科学的基础是数学。因此，学习数学有助于巩固编程的基础，写出更健壮的程序。程序员的数学系列课程主要讲解程序员必备的数学知识，借以培养程序员的数学思维。学习者无需精通编程，也无需精通数学。从概率统计、线性代数、微积分、优化理论、随机过程到当前大热的机器学习，讲师幽默风趣，课件精致美观，深入浅出带你重学数学，时间不可重来，知识可以重学！...
2020-06-14 17:24:56
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原创 学习笔记(06):程序员的数学：线性代数-回顾线性空间的成员
编程的基础是计算机科学，而计算机科学的基础是数学。因此，学习数学有助于巩固编程的基础，写出更健壮的程序。程序员的数学系列课程主要讲解程序员必备的数学知识，借以培养程序员的数学思维。学习者无需精通编程，也无需精通数学。从概率统计、线性代数、微积分、优化理论、随机过程到当前大热的机器学习，讲师幽默风趣，课件精致美观，深入浅出带你重学数学，时间不可重来，知识可以重学！...
2020-06-14 17:10:05
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原创 python中的map,lambda和sorted函数用法
map函数: 接受两个参数, 第一个参数是函数名, 第二个参数是可迭代的对象,如列表. 例如:def f(x):return x*xL = [x for x in range(10)]此时L为 [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]NL= map(f, L)print(NL) 输出<map object at 0x7f3eb4e10240>, NL为迭代器对象,可以通过next输出print(next(NL)) 输出0print(next(NL)) 输出1
2020-06-02 13:19:29
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原创 如何理解python的列表生成器
熟悉python的朋友都知道,列表生成器很好用,但有时搞不清楚怎么用. 列表生成器和生成器generator的关系就不细说了.此处主要帮助大家理解.如下面的列表生成器G = [xx for x in range(5)]xx是表达式,是我们想如何操作, 可以理解成:for x in range(5):x*x将这个for循环的结果放到列表中. [0, 1, 4, 9, 16]也可以有两个变量:G = [xy for x in range(1,5) for y in range(2,4) if x
2020-06-01 16:11:32
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原创 在Linux环境下从零开始搭建django框架
搭建虚拟环境#pip install virtualenv -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple --trusted-host mirrors.aliyun.com #先安装virtualenv工具 使用阿里云的镜像,否则下载太慢#mkdir django#mkdir webproject#virtualenv venv #创建虚拟环境#cd venv/scripts#activate #进入虚拟环境进pycharm 打开webproject..
2020-05-24 10:23:00
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原创 在python脚本中临时修改系统环境变量和包查找路径
在python脚本中临时修改系统环境变量和包查找路径首先需要搞清楚的系统环境变量和包查找路径的区别:系统环境变量是系统层面的参数,其中PATH变量指定是系统命令的查找路径顺序,一般内容如下:“usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/home/de8174/.local/bin”不同的文件夹间用:隔开.如果你新安装了某一个程序App1,其主程序路径为path1, 如果你希望在python脚本中直接使用该程序而不用键入App1的绝对路径,可以将
2020-05-15 08:49:46
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原创 轻松理解BLAST搜索原理
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool 基于局部比对搜索工具（基于北京大学的生物信息学课程总结）序列比对一般使用动态规划算法 (Simith-waterman 算法) 来实现， 对于两两比对(pairwise-alignment)而言，大O时间为Cmn (c为常量，表示单位操作时间， m， n分别为序列长度)。 如果使用动态规划算法比对数据库中的每一条...
2020-04-14 20:38:22
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原创 算法第一步: 递归
我们都知道, 一个函数内部可以调用另一个函数,但如果这个函数是调用函数本身,就是递归.先来举个例子, 求5的阶乘5! (即5x4x3x2x1), 如果用循环来解决非常直观, 很容易理解.def cycleSolution(n):fact = 1for i in range(1,n+1):fact *=ireturn(fact)如果使用递归来解决, 方法如下:def rSolutio...
2020-04-11 12:29:24
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原创 从零开始使用PyQt5进行图形用户界面开发
给team提供的生物信息学的服务都是通过网页形式提供的, 所有的分析和运算都是在服务器端, 运算结果通过Apache将结果发送给客户端. 最近一段时间,服务器搬迁,主板和内存被损, 诊断加更换花了两个星期, 导致team怨声载道,故想着开发一些桌面版的小工具,以备不时之需. 之前一直使用的是号称拯救了人类基因组计划的PERL语言, 但该语言感觉行将就木,使用范围越来越小, 更新也越...
2020-03-07 16:32:33
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原创 学习笔记(03):Python高级课程—算法与数据结构解析-删除元素
Python高级课程—算法与数据结构解析 课程特点： 1. 每个算法和数据结构都有讲义、视频、源代码 2. 讲义循序渐进，结合自己的学习和使用经验讲解。3. 演示代码实现思路，所有代码在视频里均现场编写 4. 每个实现都会有单测来验证，培养良好的编码和测试习惯，传授工程经验 ...
2020-02-29 22:16:05
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原创 学习笔记(02):Python高级课程—算法与数据结构解析-头插，定位插入
Python高级课程—算法与数据结构解析 课程特点： 1. 每个算法和数据结构都有讲义、视频、源代码 2. 讲义循序渐进，结合自己的学习和使用经验讲解。3. 演示代码实现思路，所有代码在视频里均现场编写 4. 每个实现都会有单测来验证，培养良好的编码和测试习惯，传授工程经验 ...
2020-02-29 20:28:29
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空空如也
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