利用python计算fasta文件中ATGC的含量

最新推荐文章于 2021-01-24 10:51:03 发布

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本文介绍了一段Python脚本，用于读取FASTA格式文件并统计其中A、T、G、C四种碱基的数量。该脚本通过打开指定文件，读取全部内容，并使用字典来记录每种碱基出现的次数。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

 1 #!/usr/bin/python3
 2 #-*- coding:utf-8 -*-
 3 "计算fatsa文件中的不同类型的碱基含量"
 4 f=open('./test.txt','r')
 5 line=f.read()
 6 dict={}  #创建一个空字典
 7 for i in ['A', 'T', 'G', 'C']:
 8     dict[i]=line.count(i)      #字典赋值
 9 print(dict)
10 f.close()
11