HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程

2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat，作为接替tophat和bowtie的比对工具，它具有更快的比对速度和更高的比对率，最近把这个流程走完一遍，感觉优势还是很明显的。 
一、HISAT2： 
1、下载安装： 
hisat2下载地址：ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip 
hisat2官方手册：http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml 
下载完成后解压缩： 
unzip hisat2-2.0.5-Linux_x86_64.zip 
进入hisat2-2.0.5文件夹： 

这里面的绿色文件都是可执行文件，所以只需要把目录添加到环境变量中即可： 
vim进入编辑bashrc文件，在文本中输入红色方框内的内容，保存退出，然后source ~/.bashrc 即可 

此时我们就可以直接调用hisat2命令了。 
2、建立索引： 
如同tophat一样，比对之前需要利用bowtie建立index，hisat2同样需要建立索引： 
首先提取gtf文件中的剪切位点和外显子位置： 
extract_splice_sites.py gencode.vM4.annotation.gtf >gencode.vM4.annotation.for.hisat2.ss 
extract_exons.py gencode.vM4.annotation.gtf >gen