HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程

本文详细介绍了HISAT2、StringTie和Ballgown的安装及使用流程,从HISAT2的下载、索引构建、比对,到StringTie的安装、运行以获取基因表达量,再到Ballgown的安装和差异表达分析,提供了一套完整的RNA-seq数据分析步骤。

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程

2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的。 
一、HISAT2: 
1、下载安装: 
hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip 
hisat2官方手册:http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml 
下载完成后解压缩: 
unzip hisat2-2.0.5-Linux_x86_64.zip 
进入hisat2-2.0.5文件夹: 

这里面的绿色文件都是可执行文件,所以只需要把目录添加到环境变量中即可: 
vim进入编辑bashrc文件,在文本中输入红色方框内的内容,保存退出,然后source ~/.bashrc 即可 

此时我们就可以直接调用hisat2命令了。 
2、建立索引: 
如同tophat一样,比对之前需要利用bowtie建立index,hisat2同样需要建立索引: 
首先提取gtf文件中的剪切位点和外显子位置: 
extract_splice_sites.py gencode.vM4.annotation.gtf >gencode.vM4.annotation.for.hisat2.ss 
extract_exons.py gencode.vM4.annotation.gtf >gen

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