忽然之间771-优快云博客

转载 Vim替换Tab为逗号

**Vim替换为逗号**因neo4j导入关系文件需要，将分隔符号同意为,做如下处理一、vim操作1、TAB替换为空格：#设置tab为1个空格:set ts=1:set expandtab:%retab!2、替换2个空格为单个空格，可搜索是否还存在连续空格，执行多次:%s/ / /g3、替换半角,为全角，:%s/,/，/g4、替换空格为,:%s/ /,/g5、行首加w_ ,作为词索引%s/^/w_/g 在全部内容的行首添加w_字符二、文件转码操作在LINUX上进行编码转换

2021-12-05 16:47:30 1083 1

原创无标题无标题

#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;my $annotation = shift; #annotation文件my $target_gene = shift; #目的基因my $name = shift; #命名open IN,$annotation;open INID,$target_gene;open(OUT, ">/data/00/user/user159/wm/OGgene/dataAnalysis/Go_anno/$name.GO

2021-11-23 00:17:27 816

原创【无标题】

Split用法记录#!usr/bin/perluse strict;use warnings;my $target = shift;#目标基因文件 my $name = shift;#名字open O,">/data/00/user/user159/wm/OGgene/dataAnalysis/$name.txt";open F1,$target;while (<F1>) { chomp; if ($_ =~ /orange/) {

2021-11-18 21:32:27 472

原创根据基因提取Go号--记录

逐行读取文本open FH,"1.txt"；while(<FH>) #逐行读取文本{print $_;}

2021-11-12 16:40:55 1617

原创 2021-09-30

Perl练习第三章习题1#!usr/bin/perl;use warnings;@list=qw (fred betty barney dino wilama pebbles bamn-bamn);print "Enter some numbers.\n";chomp(@numbers=<STDIN>);foreach (@numbers){ print "$list[ $_ - 1 ]\n";}#$list比@list更适合，虽然输出结果一样，标量上下文。这里

2021-11-12 16:40:29 90

原创 2021-10-02

建库建的是我们要查询的物种第一次弄错了预实验很重要

2021-11-12 16:39:48 71

转载 conda环境

https://zhuanlan.zhihu.com/p/95621871搭建conda环境

2021-09-12 01:00:28 259

转载 Gfold

主要一共7列信息前两列gene symbol和gene name第三列是GFOLD值，相当于log2（Fold Change），该值等于0的基因则记为非差异基因，非0的值才是差异基因第四列E-FDR是基于重复的Empirical FDR，因此无重复样本的经验FDR均为1。Log2fdc以及后面的RPKM列可以忽略考虑，因为最开始的exon的长度，我们是给定的是一个虚拟的数据。所以真正的确定差异是否显著，主要是看GFOLD值，GFOLD>0,代表case组中高表达，GFOLD<0,代表ca

2021-09-08 21:58:56 699

原创 Deseq2

mycounts<-read.csv("gene_count_matrix.csv",row.names=1)head(mycounts)dim(mycounts)mycounts_1<-mycounts[rowSums(mycounts) !=0,]dim(mycounts_1)mymeta<-read.csv("mymeta.csv",stringsAsFactors =T)mymetacolnames(mycounts_1)==mymeta$idlibrary(DES

2021-09-05 16:07:31 500

原创 RNA-seq流程（fastp-hisat-stringtie)

1.安装Ubantu LTS2.安装miniconda33.配置清华镜像源4.用fastp对数据进行处理（加参数 l 20 过滤掉reads长度小于20的数据，否则Hisat2会报错，提示reads长度应该大于20）/home/wm_771/miniconda2/bin/fastp -f 10 -F 10 --detect_adapter_for_pe -x -h SRR10251179.sra.html -c -q 15 -u 40 -g -n 5 -l 20 -i SRR10251179.sr

2021-08-11 22:26:18 1873

原创 2021-08-06

Windows下将SRA格式转化为fastq格式不怎么会使用linux，以及老是报错，只好在Windows下转换好，再传到服务器上。有点麻烦????在这个界面的空白处（bin下面）长按Shift键+鼠标右键，打开Windows power shell窗口：输入fastq-dump --gzip --split-3 -O ./fastq/ -A SRR1025xxxx.sra#--gzip 输出压缩格式#--split-3 针对PE双端测序，将文件拆成两个fastq格式，方便后续流程#-o

2021-08-06 14:03:41 431

scintilla7的博客