RNA-seq要做几次生物学重复？找出来的100%都是真正的应答基因

尹师妹：“哈师兄，做验证实验好辛苦，老板让我提高筛选差异基因的条件，尽量降低假阳性，我该怎么筛？”

 

小哈打开Evernote，给尹师妹看张表：

“瞧见那个100%了吗？30 million mapped reads的情况下，10次重复，2倍筛选条件，Statistical power100%，找出来的都是真的应答基因；只做3次重复，2倍筛选条件，可以达到87%；

如果测序深度降到15 million mapped reads，需要10次重复，才能到85%。”

尹师妹：“我的样品有30 M mapped reads，3次重复，我用2倍，87%的Statistical power，我觉得这样可以接受。”

 

 

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0881-8

查看《生信小硕乱入生物实验室的幸福生活》系列其他文章，请关注嘉因生物，回复小哈+文章编号，例如回复“小哈1”。

小哈1. 哈师弟的博士研究僧之旅开篇

小哈2. 怎样批量查看lncRNA跟疾病的关系

小哈3. 如何避免批次效应导致的结果不可靠

小哈4. 缺了对照会怎样

小哈5. 家族遗传病如何设计测序实验

小哈6. 遗传病的显隐性、伴性遗传的判断

小哈7. Jane帮你选期刊，选审稿人

小哈8. 用Gnosis直接按影响因子检索paper

小哈9. 组蛋白修饰预示着什么？

小哈10. 药物处理多久后能看到组蛋白修饰的变化？

小哈11. lncRNA上的SNP对其作用机制的影响

小哈12. 需要测多少数据量？read数和G的换算

小哈13. RT-qPCR验证，选哪个lncRNA的哪段设计引物？

小哈14. 研究单个基因的生物信息学分析工具（大全）

小哈15. miRNA的RT-qPCR验证，小伙伴儿亲测，高效，便宜，不限物种（附各试剂货号）

小哈16. RNA-seq要做几次生物学重复？找出来的100%都是真正的应答基因

 

转载于:https://www.cnblogs.com/wangprince2017/p/9813247.html