RNA-seq中的生物学重复

• 生物学重复：经过相同方式处理相同样品（不是同一个体）。指样本重复，比如3只小鼠，同时做一种处理，就是三个生物学重复。
  • 消除组内误差：生物学重复可以测量变异程度。
  • 增强结果可靠性：测序的样本数越多，越能够降低背景差异。
  • 检测离群样本：异常样本的存在，会严重影响测序结果的准确性，通过计算样本间的相关性可以发现异常样本，将其排除。
  • 没有生物学重复实验发文章困难，如确实无法设置生物学重复。就得结合强有力的实验数据支撑，如定量实验，FISH荧光原位杂交，或是northern 杂交等，用实验数据说服。考虑到现实条件，重复设置≥3。一般不建议两个重复，如果两者结果不一，无法确定哪个数据为参考。
  • 原核生物以及真菌生物学重复的效果>植物>动物
  • 植物取样：同一片试验田，同一长势，外部形态特征相同
  • 动物取样：同一遗传背景，同一饲养条件，同一年龄，性别相同，外部形态特征相同
  • 生物学重复文献研究：在控制相同的假阳性率水平下，差异基因的数目整体与生物重复数量正相关；差异基因数目的稳定性与生物重复数量负相关；生物重复较少时，不同的抽样导致的差异基因数目波动较大；生物重复较多时，差异基因数目更集中。生物重复越多，真阳性率越高，并受筛选阈值影响越少，漏掉的差异基因（假阴性基因）越少。
  • 【Paper】RNA-seq differential expressio