IslandViewer4|基因组岛在线预测

IslandViewer 4

基因组岛（genomic island）是微生物基因组中可水平转移的基因簇。根据功能基因不同，可将其分为抗性岛、代谢岛、共生岛、毒力岛等。

基因组岛的预测主要分为两类:

1.基于基因组的序列特征差异法

根据不同种属细菌间基因组序列构成的差异预测基因组岛，主要有:SIGI-HMM和IslandPath-DIMOB等方法。基因组岛的G+C%含量、二核苷酸偏好性以及密码子偏好性与其所在的基因组存在显著性差异。随着时间的推移，基因组岛的序列构成会趋同于所在基因组的序列构成，从而导致部分基因组岛未能被准确识别。

2.基于亲缘菌的比较基因组法

利用全基因组序列比对，寻找独立存在于某基因组而不存在于亲缘菌基因组中的大片段DNA。比较基因组法有:IslandPick、MobilomeFINDER

IslandViewer4相关适用方法来啦

IslandViewer4网址：
http://www.pathogenomics.sfu.ca/islandviewer/upload/

介绍：

1.IslandViewer4内置3种预测方法:

①Islandpick–是一种基于比较基因组学的自动化方法

②SIGI-HMM–测量密码子使用以识别可能的 GI

③IslandPath-DIMOB–测量二核苷酸偏差以识别可能的 GI

2.也能对毒力因子和耐药基因进行注释

3.用户无需下载，使用简单方便。

IslandViewer4相关使用方法：

1.进入网址，点击上传文件，上传成功后会显示文件名

2.(可选)自定义基因名，以及完成后通知的电子邮件地址

3.提交，点击upload（需要等待一段时间）


4.结果：

圈图展示基因组上预测出的基因岛的分布、位置、不同颜色表示对应的分析方法，圈图的内圈是基因组 G+C 含量的变化，一般基因岛的 G+C 含量会显著偏离基因组 G+C 含量的平均水平。
面是基因组岛区域的详细展示，条形基因组可以用鼠标滑轮缩放查看，下面的表格具体展示基因岛的数量、范围、起始位置、预测方法等，点击进去还会显示基因岛上基因的具体功能。

END

图图云平台-永久免费绘图工具 https://www.cloudtutu.com/

关注”作图帮“公众号–获取更多精彩