在线作图丨数据降维分析④——NMDS分析

Question 1：什么是NMDS分析？
非度量多维标度（Non-metric Multidimensional Scaling，NMDS）是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。

Question 2：NMDS与其他降维方式有什么区别？
PCA基于线性模型，仅适用于物种少，环境因素、物种丰度波动变化小的情况。PCoA与NMDS用于反映样本距离矩阵关系，不同点在于NMDS更侧重反映距离矩阵中数值的排序关系，弱化数值的绝对差异程度。在多样本、物种数量多的情况下（可进行排序的数量更大）。NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析，但NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系，当样本或者物种数量过多的时候使用NMDS会更加准确。NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。

Question 3：如何不使用R语言绘制NMDS分析图？
小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图（https://www.cloudtutu.com/#/index，免费的哦~），操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，无需注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部分析）里找到NMDS分析，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作，即可在2分钟内获得一张精美的NMDS分析图喽~
话不多说，我们开始行动吧~

Step 1：上传数据
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。
平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别。
a)准备一个数据矩阵（形式参照示例数据，如微生物OTU表、物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表