使用R，ggplot2绘制NMDS图

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#ggplot2 #R #NMDS

使用R，ggplot2绘制NMDS图

输入文件准备

mapping.txt ：样品名与分组信息
otu.txt : otu表
文件下载 : https://github.com/tangshanshaolu/R_test.git

代码部分

library(vegan)
library(ggplot2)
pdf("nmds.pdf")
otu<-read.table("otu.txt",header=T,sep="\t")
rownames(otu)<-otu[,1]
otu<-otu[,-1]
otu<-data.frame(t(otu))
map<-read.table("mapping.txt",header=F,sep="\t")
sites<-as.vector(map[,1])
amt<-as.vector(map[,2