10、自然语言处理与药物发现：探索化学空间的新路径

自然语言处理与药物发现：探索化学空间的新路径

自然语言处理在药物研发中的应用

自然语言处理（NLP）在药物发现和开发领域展现出了广泛的应用前景。它在文档总结、语音识别和聊天机器人等方面都有实际应用。例如，有一项专利详细介绍了一个系统和方法，通过接收口头请求、处理和解释话语，并根据确定的上下文选择广告，实现定向广告投放。

在生物医学数据处理方面，Apache Solr 被用于对 DataCelerate 平台研究中的结构化和非结构化数据进行索引，该平台是 BioCelerate 毒理学数据共享计划的一部分，旨在整合来自不同来源、制药公司和科研机构的高质量毒理学数据。Linguamatics IQVIA I2E AMP 2.0 工具则用于搜索和分析药物不良反应（ADRs）以及药物 - 药物相互作用。

Chillbot 在线 NLP 应用将基因名称与 PubMed 出版物整合，用于发现基因之间的关系。不仅文献搜索可以自动化，实验设计本身也可以借助相关工具实现。Hybrow（假设浏览器）就是一个用于计算机辅助假设评估、实验设计和模型构建的系统。

BioBERT 是一种预训练的生物医学语言表示模型，基于 BERT 模型开发，可用于生物医学内容的文本挖掘。它允许以多方向（从左到右和从右到左）的方式分析标记，有助于理解上下文。BeFree 系统用于识别药物、基因与疾病等实体之间的关系，研究发现，通过该系统发现的一些基因 - 疾病关联并未全部收录在经过整理的数据库中，这凸显了寻找替代信息整理方法的必要性。DigDee 也是利用 NLP 提取疾病 - 基因关系数据的工具，该方法还考虑了诸如磷酸化和突变等生物事件，认为这些可能代表疾病引起的异常行为。

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