10、语义网与数据集成：Ondex平台的分析与启示

语义网与数据集成：Ondex平台的分析与启示

一、引言

生命科学领域的数据具有复杂性、高度关联性、异质性以及众多命名和身份问题。语义网技术为解决这些问题提供了理想的解决方案，计算生物学家和生物信息学家是这些技术的积极采用者。在考虑为语义网用户提供软件时，我们需要评估工具的使用是否与语义网的表示原则一致，以及信息工程的哪些方面需要调整以改善冲突。本文聚焦于Ondex数据集成平台，探讨其与语义网的适配问题。

二、Ondex数据结构与语义网

2.1 生命科学数据特点与图模型

生命科学数据的复杂性、高关联性、异质性以及命名和身份问题，使得图模型成为处理这些问题的自然选择。从代谢途径到生态系统再到解剖结构，图可以方便地捕捉各种关系。RDF等无模式表示方法通过连接提供了集成数据的方式，连接强度可根据应用需求调整。

2.2 Ondex平台概述

Ondex是一个始于2005年为系统生物学和生命科学研究开发的数据集成和分析平台，具有领域独立性。其信息工程设计基于图数据结构和本体，用于表征图实体。Ondex的图模型使用节点表示概念，边表示概念之间的关系，概念和实体可通过类型、属性集和预定义属性进行表征。

2.3 Ondex与RDF的关系

Ondex的数据模型与RDF有直观的对应关系，其解析器实际上相当于从原始资源到RDF的映射器。然而，Ondex的表示和使用存在一些问题，例如解析器对数据转换的解释不一致，特别是在来源信息的解释方面。

2.4 目标

我们的目标有两个：一是开发规范的Ondex数据模型并将其转换映射到RDF；二是描述一个规范模型，