47、基因组信息学中的无监督学习：MiRMs检测方法解析

基因组信息学中的无监督学习：MiRMs检测方法解析

在基因组信息学领域，检测miRNA调控模块（MiRMs）是一项重要任务。传统方法存在一定局限性，近年来发展了多种新的网络方法来提高检测准确性。本文将详细介绍两种方法：GroupMiR和SNMNMF。

1. 检测MiRMs的新网络方法概述

为了检测MiRMs，近期开发了三种网络方法。尽管它们的无监督学习框架不同，但都利用了广泛可用的配对m/miRNA表达谱，以改进早期基于序列的网络方法的准确性。以下是这三种方法的简单介绍：
| 方法名称 | 特点 |
| ---- | ---- |
| GroupMiR | 基于印度自助餐过程（IBP）的非参数贝叶斯模型，推断miRNA和mRNA的组归属 |
| SNMNMF | 稀疏网络正则化的多重非负矩阵分解方法 |

2. GroupMiR：基于印度自助餐过程推断miRNA和mRNA组归属

传统基于表达的方法旨在用线性模型中miRNA表达的子集来单独解释每个mRNA的表达，但同一mRNA（miRNA）可能在不同途径中与不同的miRNA（mRNA）相互作用。因此，推断不同组的miRNA和mRNA之间共享的共同特征数量更为自然。GroupMiR就是基于这一思想提出的。

2.1 GroupMiR框架概述

• 潜在特征探索 ：GroupMiR首先在非参数贝叶斯（NBP）形式的潜在无限二进制特征空间中，探索mRNA、miRNA内部或它们之间共享的潜在二进制特征或归属。特征数量是推断得出的，而非任意确定。
• 特征