ChIA-PET2报错系列——第四步报错（macs2报错找不到命令）

最新推荐文章于 2024-04-22 15:33:16 发布

很酷的女超人

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分类专栏：生信学习笔记 ChIA-PET2 文章标签： linux

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/viola_/article/details/117483975

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在执行ChIA-PET2分析过程中遇到macs2命令找不到的问题。报错信息表明macs2命令未正确配置在系统路径中。解决办法包括检查macs2是否已安装，确保其在PATH环境变量里，或者通过添加软链接到系统bin目录来使命令全局可访问。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

1、报错：找不到命令

在这里插入图片描述

[root@node01 fengyongxian]# vim /etc/profile
[root@node01 fengyongxian]# which python
/usr/local/bin/python
[root@node01 fengyongxian]# vim /etc/profile
[root@node01 fengyongxian]# macs2
bash: /home/fengyongxian/shm/tartar/miniconda/yes/bin/macs2: /home/fengyongxian/shm/tartar/miniconda/yes/bin/python: 坏的解释器: 没有那个文件或目录
[root@node01 fengyongxian]# vim /etc/profile
[root@node01 fengyongxian]# macs2
bash: /home/fengyongxian/shm/tartar/miniconda/yes/bin/macs2: /home/fengyongxian/shm/tartar/miniconda/yes/bin/python: 坏的解释器: 没有那个文件或目录
[root@node01 fengyongxian]# cd /home/fengyongxian/shm/tartar/macs2/MACS-2.2.7.1
[root@node01 MACS-2.2.7.1]# sudo python setup.py install
sudo：python：找不到命令
[root@node01 MACS-2.2.7.1]#

2、解决办法：

python setup.py build
python setup.py install

[root@node01 Python-2.7.18]# python -V
Python 2.7.18
[root@node01 Python-2.7.18]# sudo python setup.py install
sudo：python：找不到命令

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ChIA-PET2报错系列——ChIA-PET2调用不了

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Install ChIA-PET2 in /root/bin/ChIA-PET2_0.9.3 ... (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [ro

ChIA-PET2报错系列——第四步报错（ERROR in running Macs2）

viola_的博客

05-29

297

[main] Version: 0.7.17-r1188 [main] CMD: bwa samse hg19.fa OUTdir12/index-1_1.valid.fastq.sai OUTdir12/index-1_1.valid.fastq [main] Real time: 397.832 sec; CPU: 379.342 sec bwa_wrap hg19.fa OUTdir12/index-1_2.valid.fastq 1 OUTdir12/index-1_2.valid.sam 1 Ru

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