ChIA-PET2报错合集

最新推荐文章于 2023-10-12 16:10:21 发布

原创

最新推荐文章于 2023-10-12 16:10:21 发布 · 884 阅读

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这篇博客详细记录了ChIA-PET2分析过程中遇到的macs2、QCplots和第七步的报错及解决方法。对于macs2，问题在于不在特定conda环境中运行，切换环境并使用python3.8和macs2 2.2.5版本解决了问题。Running Step 6: QCplots报错通过修改得到解决。在第七步中，首先遇到的问题是数据量太少，通过增加数据量并调整参数使得micc可以运行成功，但可能会影响精度，计划后续进行大规模数据测试以确定是否需要进一步调整参数。

文章目录

一、关于macs2报错：
- - 1、报错
  - 解决
  - 2、报错
  - 解决
二、关于Running Step 6: QCplots报错：
- - 报错
  - 修改：
三、关于第七步报错：
- - 解决：
四、第七步再次报错：

一、关于macs2报错：

1、报错

在这里插入图片描述

解决

原因：没在sun conda环境下跑
切到sun环境下就好了

2、报错

在网上找到了一样的报错

Traceback (most recent call last):
  File "/home/server/shm/conda/condaa/envs/sun/bin/macs2", line 653, in <module>
    main()
  File "/home/server/shm/conda/condaa/envs/sun/bin/macs2", line 49, in main
    from MACS2.callpeak_cmd import run
  File "/home/server/shm/conda/condaa/envs/sun/lib/python3.8/site-packages/MACS2/callpeak_cmd.py", line 23, in <module>
    from MACS2.OptValidator import opt_validate
  File "/home/server/shm/conda/condaa/envs/sun/lib/python3.8/site-packages/MACS2/OptValidator.py", line 20, in <module>
    from MACS2.IO.Parser import BEDParser, ELA