树突棘突触检测的图像处理方法
1. 线滤波器和点滤波器
在图像处理中,由于z方向的变化比xy平面更大,在计算导数时,z坐标会按经验系数0.7进行缩放。当接近点对象时会出现问题,因为v2会呈切线方向,导致相关方程表现得如同在对象中心一样,这使得棘头和其他点对象看起来比实际大很多。而在v3方向上,棘头的大小接近点扩散函数(PSF)的大小,虽然仍然偏大,但对于分割来说已经足够,因为点对象是很好分离的。
根据方向的不同,操作分别称为线滤波器和点滤波器。使用h2且κ = 10时的线滤波器和点滤波器输出结果如图所示。对于进一步的分割,选择阈值θ = 25 ± 5,并手动调整以减少连通性方面的剩余误差。输出中细对象的宽度几乎与其真实宽度无关,而是取决于PSF的大小,因此厚度测量需要原始灰度图像的信息。
2. 拓扑保留的三维细化
前期预处理步骤的目的是衡量图像点应被分割为对象还是背景,使用全局阈值对结果进行分割。理想情况下,二值结果应在拓扑上与真实组织等效,并保留其相关特征,但由于重建不可能完美,前者无法保证。拓扑误差可在后续能理解形状的阶段进行纠正。
为了与更高阶段建立联系,将对象简化为线骨架。骨架(也称为中轴变换)是对象O中所有点的子集S,满足特定条件。形状可以从骨架S精确重建,从S到半径的映射称为半径函数。对象边界上的小边缘可能会导致只代表形状次要特征的骨架分支,这种分支称为伪分支,可通过开闭等操作平滑对象边界来减少其数量。
在数字图像中,骨架的概念难以定义,这里仅给出应用的细化算法的大致步骤:
1. 定义一个位于立方网格中的有序方向集R = {r0, … r5},选择r0,设置i = 0。
2. 若一个点
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