搭建本地inter pro scan

最新推荐文章于 2025-05-26 13:40:31 发布
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本文档提供了从欧洲生物信息研究所获取InterProScan最新版本及其所需数据库文件的详细步骤。包括核心程序、各平台二进制文件、除Panther外的所有数据库及Panther数据库等关键资源的下载链接。

source: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/Installing_InterProScan.txt


Download the following files from ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan :

 * RELEASE/latest/iprscan_v4.8.tar.gz  - InterProScan itself
 * BIN/4.x/iprscan_bin4.x_[PLATFORM].tar.gz - Binaries for the various platforms
 * DATA/iprscan_DATA_[LATESTDATAVERSION].tar.gz - databases used by InterProScan (except Panther)
 * DATA/iprscan_PTHR_DATA_[LATESTDATAVERSION].tar.gz - panther database and indexes
 * DATA/iprscan_MATCH_DATA_[LATESTDATAVERSION].tar.gz - match_complete.xml and interpro.xml files

基于STM32设计的智能门锁(微信小程序+手机APP等多种方式开锁)(188)
07-17 1万+
当前智能门锁项目是基于STM32微控制器、ESP8266-WIFI模块、OLED显示屏、指纹模块、蓝牙模块、门禁刷卡模块、烟雾检测模块、火光检测模块、温湿度检测模块等硬件设备开发的一种智能门锁系统
基于STM32设计的智能教室管理系统_127
07-28 8268
本文介绍了一个智慧教室的设计，该设计由电器设备控制系统、环境检测系统和考勤系统三大模块构成。通过使用STM32微处理器和物联网电器设备控制中心，实现对教室内风扇、照明灯和窗帘等电器设备的智能化统一控制与运行。同时，环境检测系统可以实时监测环境光强、温度、湿度和烟雾浓度等信息，并在大屏幕上综合显示教室的舒适程度。此外，考勤系统通过建立数据库记录学生的考勤情况，使用RFID学生卡和摄像头进行考勤识别，并保存学生图像以确保考勤的真实性。
InterProScan本地化安装、配置、使用（含批量操作）
weixin_58269397的博客
03-30 6720
interproscan 是个基因注释工具，可以一次运行实现多个数据库的注释。用户既可以提交蛋白序列也可以提交核酸序列，还可以对输出格式进行设置。优点：使用本地化的数据库，在断网和计算机资源充足的情况下，能加快注释速度；本地化网页版能同时比对多条序列；本地化能对DNA序列进行interpro注释。缺点：本地化安装InterProScan比较复杂耗时；需要不时更新本地数据库；本地化运行耗费计算资源大。
interproscan安装及详细设置
高锦的博客
08-01 6263
interproscan
InterProScan安装
Maiya19724的博客
12-31 2410
InterPro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库， InterPro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam、PRINTS、ProSitePatterns、 ProSiteProfiles、 SMART、 SUPERFAMILY、 TIGRFAM、 ProDom、 PIR 数据库。采用 InterProScan 软件可以对新蛋白质序列通过序列比对或者 HMM 算法等搜索与 InterPro 蛋白质特征序列匹配预测蛋白质各种结构功能域、信号肽、跨膜特征、蛋白质螺旋结构
pfamscan 的使用_科学网—[转载]InterProScan的使用教程 - 黄顺谋的博文
weixin_39725844的博客
12-20 999
InterPro是一个数据库，其提供蛋白序列的功能分析并归纳为一个个蛋白家族，同时还预测了presence of domains和important sites。为了将蛋白分类，InterPro使用先验模型，整合了不同的数据库形成一个整体而InterProScan则是一款可以使用InterPro数据库的软件(more information about InterProScan)至于Why is ...
InterProScan的安装与使用
nanbei45的博客
10-18 1624
一、环境要求2、Perl3、Python 3二、检查配置如果显示未安装，请使用sudo自行下载，若是服务器没有sudo权限的，自己下载软件包，解压进行安装。手动安装Java JDK8(已安装的跳过)向服务器上传官网下载的jdk-8u201-linux-x64.tar.gz，然后在服务器中进行解压查看jdk-8u201的文件路径，假设为/your path/jdk-8u201配置环境变量如果有大段的提示，那就基本上证明已经生效了。三、获取软件以及检查软件数据正确性四、运行与测试。
深入解析ScandAll Pro架构演进：从单机部署到企业级高可用系统的7个关键阶段
富士通旗下的 **ScandAll Pro** 作为一款成熟的企业级扫描软件，在多年发展中经历了典型的架构跃迁——从最初仅服务于单一桌面用户的本地工具，逐步演化为支持大规模并发、跨地域部署、具备自愈能力的分布式系统。...
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!...# 1. ESP32温湿度控制系统的整体架构设计 ## 系统架构的顶层设计思路 本系统以ESP32为核心控制器，构建一个低功耗、高可靠性的温湿度监测与调控闭环系统。整体采用分层架构设计，包含感知层（DHT系列传感器）、...
【ESP32物联网开发黄金指南】：从零搭建首个Wi-Fi设备的5大核心步骤与避坑策略
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interprotscan安装与调试
Kun_98的博客
06-22 1327
interprotscan安装
使用 Pfam 和 InterProScan 进行蛋白质家族和功能域的分析
Protein Designer的博客
05-26 1438
本文介绍了使用Pfam和InterProScan进行蛋白质家族与功能域分析的方法。主要内容包括：1) Pfam数据库的本地化使用，通过hmmscan工具比对Pfam-A.hmm数据库，并提供了批量处理Python脚本；2) InterProScan的安装配置与命令行参数详解，支持多数据库整合分析；3) 补充介绍了基于curl的Uniprot在线查询方法。文章提供了从软件安装到实战分析的完整流程，适用于本地化、批量化蛋白质功能注释需求，特别是无网络环境或大规模数据分析场景，适合不同水平的生物信息学用户。
一个用interproscan做基因注释的简易教程
weixin_34194551的博客
08-01 5391
官网地址： http://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html github使用手册地址： https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki 1.下载、解压、安装 下载链接： nohup wget ftp://ftp....
如何下载功能基因的隐马尔可夫文件-Pfam及InterProscan-生信工具48
weixin_44874487的博客
03-02 1646
选项生成结构域比对表。每个结构域占一行，可能一个序列中会有多个结构域。结构域比对表有 22 个空格分隔的字段，后面跟着一个自由文本描述目标序列的字段。为了理解如何筛选，首先查看文件说明。以下是结构域格式输出的说明。一般来说，输出结果都输候选基因，处于blast比对40%的相似度，建议全部使用。在interprosacn下载候选基因的隐马模型，比如检索糖基转移酶。如何使用hmmer注释候选基因，当然blast也可~在蛋白质搜索程序中，
基因注释 InterProScan的三种使用方法
alnx37271的博客
03-26 4342
InterProScan的三种使用方法 Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能。是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余数据库。Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库，并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释。以下介绍3中interpro注释的方法： 一、网页版的Interpro注释 打开I...
oracle euk 什么系统,【T】每日一生信--interproscan安装及使用（终结版）
weixin_30126739的博客
04-13 656
本博文已整理到新地址：http://qinqianshan.com/interproscan-installation-and-usage/Interpro是一个数据库，它里面有蛋白功能，蛋白家族等信息。而Interproscan就是可以将你的蛋白序列跟这个这个数据比对，从而给你的序列功能注释。Interproscan5新增了一些功能用来预测跨膜和信号肽可以把结果map到上传的数据上寻找蛋白可能的...
Interproscan linux版本详细安装教程及运行报错解决方案
m0_55059521的博客
04-09 5019
解决问题：interproscan 软件 在Linux中配置（个人经验，仅供参考~） 文章目录前言一、参考文档二、需要软件Software requirements:1.下载压缩包2.解压3. 和hmm model 建立索引4. pather model5. 运行三、问题解决1 软件缺失总结 前言 提示：这里可以添加本文要记录的大概内容： 例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。 提示：安装的版本是 一、参考文档 htt.
蛋白序列GO号注释及问题
weixin_30814329的博客
11-27 2494
#=============================== 版本1 ===============================================InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能。是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余数据库。Interproscan整合了一些使用最...
表示数值的字符串（Java实现）
梦中注定的博客
06-02 415
表示数值的字符串问题描述：解题思路：代码： 问题描述： 请实现一个函数用来判断字符串是否表示数值（包括整数和小数）。例如，字符串"+100",“5e2”,"-123",“3.1416"和”-1E-16"都表示数值。 但是"12e",“1a3.14”,“1.2.3”,"±5"和"12e+4.3"都不是。 解题思路： 有两种思路：第一种是利用正则表达式来进行判断是否为数值，另一个方法也是剑指offer里面给出的答案，首先看第二种方法：我们首先观察字符串是数字和不是数字的区别。很显然，数字只可能包含0-9，小数点
可以通过本地库引入inter字体吗
最新发布
07-03
你**完全可以通过本地引入 Inter 字体**，而不需要依赖 Google Fonts 的 CDN。这对于内网部署、提高加载速度或避免网络请求非常有用。 --- ## ✅ 实现步骤 我们将使用 Vite + Vue 3 的项目结构来演示如何从本地...
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