bioinformatics software

最新推荐文章于 2025-12-06 16:22:54 发布
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#2010

本文探讨了使用Ontologizer工具进行基因注释增强的方法，该工具基于Nucleic Acids Research期刊上的一项研究，提供了从基因组数据中提取丰富生物功能注释的技术。
Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-10
weixin_42953727的博客
09-03 677
Chapter 10 Working with Sequence Data Nucleotide (and protein) sequences are stored in two plain-text formats widespread in bioinformatics: FASTA and FASTQ—pronounced fast-ah (or fast-A) and fast-Q, r...
Summary of Bioinformatics Journals
wangprince2017
01-25 745
Summary of Bioinformatics Journals Or more precisely, journals where bioinformatics articles can appear: from http://www.cs.ucr.edu/~vladimir/lib/journals.html Name 2008 2007 2006 2005 Publisher B...
Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-4、5
weixin_42953727的博客
08-25 253
Chapter4 Working with Remote Machines Maintaining Long-Running Jobs with nohup and tmux 1. nohup Because the nohup command is catching and ignoring these hangup signals, the program you’re running won...
Bioinformatics Data Skills by Oreilly学习笔记-9
weixin_42953727的博客
09-01 316
Chapter9 Working with Range Data A Crash Course in Genomic Ranges and Coordinate Systems CrossMap is a command-line tool that converts many data formats (BED, GFF/ GTF, SAM/BAM, Wiggle, VCF) between c...
bioinformatics小技巧
LonghaoJia的博客
05-14 1939
1. linux上python2的安装 Installing a custom version of Python 2： https://help.dreamhost.com/hc/en-us/articles/115000218612-Installing-a-custom-version-of-Python-2
bioinformatics databases
blacklee123的专栏
06-10 5491
各种类型的数据库，仅供参考，希望大家一起补充 综合数据库 ★ INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。 ★ EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 http://www.ebi.ac.uk/embl.html 
生物信息学简史，A brief history of bioinformatics- Briefings in Bioinformatics综述解读
cling5899的博客
03-22 2326
A brief history of bioinformatics 原文 DOI号：10.1093/bib/bby063 参考链接 生物信息学简史-生信自学网 A Brief history of Bioinformatics 1950–1970: The origins Protein analysis was the starting point 生物信息学在DNA中的应用要落后于蛋白质研究将近20年时间，因为50年代早期普遍认为蛋白质才是遗传信息载体。 Dayhoff: the first bio.
Bioinformatics with Python Cookbook.1
weixin_42953727的博客
09-25 424
Chapter 1 Python and the Surrounding Software Ecology 本章主要介绍linux上Python及周边软件的安装，为此，应先了解linux系统版本信息以及已经安装了哪些软件，若已经安装了Python，但仍想通过Anaconda安装Python，最好unset PYTHONPATH，或者卸载已安装的Python和libraries。 查看Linux版...
HaploThread User Manual (v1.0.0)
最新发布
aname的博客
12-06 334
BibTex:Bo XuLun LiCuiping LiAnke Wang。
# 2. 诊断工具配置 > pkgbuild::check_build_tools(debug = TRUE) Trying to compile a simple C file Running "F:/Bioinformatics software/R/R-4.5.1/bin/x64/Rcmd.exe" SHLIB foo.c F:/Bioinformatics software/R/rtools44/mingw64/bin/gcc -I"F:/Bioinformatics software/R/R-4.5.1/include" -DNDEBUG -I"F:/Bioinformatics software/R/rtools45/x86_64-w64-mingw32.static.posix/include" -O2 -Wall -std=gnu2x -mfpmath=sse -msse2 -mstackrealign -c foo.c -o foo.o /bin/sh: line 1: F:/Bioinformatics: No such file or directory make: *** [F:/Bioinformatics software/R/R-4.5.1/etc/x64/Makeconf:289: foo.o] Error 127 错误: Could not find tools necessary to compile a package Call `pkgbuild::check_build_tools(debug = TRUE)` to diagnose the problem.
10-19
我们面对的核心问题是路径中包含空格（"Bioinformatics software"）导致编译工具链调用失败。错误信息明确显示shell将路径在空格处截断，从而找不到文件或目录。以下将系统性地解决此问题。 ### 根本原因分析 设R...
Sys.which("make") make "F:\\Bioinformatics software\\R\\rtools44\\usr\\bin\\make.exe"
10-19
我们之前已经分析过，错误的核心原因是Rtools的安装路径中包含空格（"F:/Bioinformatics software/R/rtools44"中的空格导致系统将路径截断为"F:/Bioinformatics"和"software/R/rtools44"两部分，从而找不到路径）。...
我在windows下pycharm终端中指定特定python版本运行报错：F:\Bioinformatics software\Python\Python 3.11\python.exe -m pip install
03-12
用户提到的错误信息是：“F:\Bioinformatics software\Python\Python 3.11\python.exe -m pip install”。看起来用户在尝试通过PyCharm终端运行特定Python版本的pip安装命令时遇到了问题。首先，我需要理解用户的...
PS F:\Bioinformatics software\Python\PyCharm\SNP_Select> "F:\Bioinformatics software\Python\Python 3.11\python.exe" -m pip install cyvcf 所在位置 行:1 字符: 60 + "F:\Bioinformatics software\Python\Python 3.11\python.exe" -m pip ins ... + ~~ 表达式或语句中包含意外的标记“-m”。 所在位置 行:1 字符: 63 + ... Bioinformatics software\Python\Python 3.11\python.exe" -m pip install ... + ~~~ 表达式或语句中包含意外的标记“pip”。 + CategoryInfo : ParserError: (:) [], ParentContainsErrorRecordException + FullyQualifiedErrorId : UnexpectedToken PS F:\Bioinformatics software\Python\PyCharm\SNP_Select>
03-12
好的，我现在需要解决用户在PowerShell中执行pip安装命令时遇到的语法错误，并指导他们正确使用python.exe -m pip install命令来安装cyvcf包。首先，我需要回忆一下用户提到的引用内容，看看有没有相关的信息可以...
搭建本地blast2go
tmjdone的专栏
10-20 4880
1. 从http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources  下载相应资源( http://www.blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip http://www.blast2go.com/data/blast2go/local_b2g_db_tutorial_0809.zip ) 1.5 (可选,依据
多重序列比对查看
tmjdone的专栏
11-22 1661
### plotNuc.pl --- #! /usr/bin/perl -w # # File: plotNuc.pl # Time-stamp: # $Id: $ # # Copyright (C) 2010 by tmjdone # # Author: tmjdone # # Description: # use strict; use Data::Dumper; use Getopt::Long; use Pod::Usage; use Bio::SeqIO;
install bioperl
tmjdone的专栏
08-22 1305
How to install bioperl via cpan: https://wiki.archlinux.org/index.php/Bioperl bash>cpan cpan>d /bioperl/ cpan>install xxx/bioperl-xxx.tar.gz How to install GBrowse: http://gmod.org/wiki/GBrows
搭建本地inter pro scan
tmjdone的专栏
10-20 1028
source: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/Installing_InterProScan.txt Download the following files from ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan : * RELEASE/latest/
[看文献]deer mouse 血红蛋白高海拔适应
tmjdone的专栏
06-06 964
Title:Evolutionary and functional insights into the mechanism underlying high-altitude adaptation of deer mouse hemoglobin Abbreviation:hemoglobin (Hb) thin-layer isoelectric focusing (TL-
dmtcp simple usage (checkpointing)
tmjdone的专栏
11-23 940
download: http://dmtcp.sourceforge.net/ tar zxf xxxx ./configure --prefix=xxx make  make install edit .bashrc: add two lines: export PATH=xxx/bin:$PATH export JALIB_UTILITY_DIR=xxx/bin
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