水体微生物多样性分析

原创 于 2022-04-22 14:53:05 发布 · 1.1k 阅读 · 4 ·
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本文通过16S rRNA基因Illumina测序技术，研究了厦门海域赤潮期间异弯藻周围的细菌菌落动态变化。测序结果揭示了赤潮样本与对照组在微生物多样性和种群结构上的显著差异。

微基生物基于16S rRNA基因、18S rRNA基因和ITS序列，利用NGS测序技术（illumina、Ion Torrent PGM）来分析水源（包括河水、湖水、冰川融水、海水等）微生物（包括原核微生物、真核微生物）的多样性，解析不同环境样本中的微生物多样性差异，同时，第二代高通量测序拥有庞大的数据信息，更能进一步统计分析出不同的水源环境中影响微生物群落及多样性的主要因素。水体中微生物种类繁多，数量巨大，通过对水体微生物的

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微基生物
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PICRUSt2功能预测分析
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一、介绍宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于组装的分析方法。二、分析流程介绍数据分析从下机原始序列开始，首先对原始序列进行去接头、 质量剪切以及去除污染等优化处理。然后使用优质序列进行拼接组装和基
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噬菌体（bacteriophage, phage）是感染细菌、真菌、藻类 、放线菌或螺旋体等微生物的病毒的总称，因部分能引起宿主菌的裂解，故称为噬菌体。在葡萄球菌和志贺菌中首先发现。作为病毒的一种，噬菌体具有病毒的一些特性：个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA 或 RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖。一旦离开了宿主细胞，噬菌体既不能生长，也不能复制。依据核酸类型、形态结构、基本特征等对噬菌体进行了系统的分类。（1）根据噬菌体的核酸类型，可分为双链DNA 噬菌体（即 dsDNA 噬菌体）
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菌体浓度测定方法/细菌计数方法
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菌体浓度是指单位体积培养液中菌体的含量。常用的菌体浓度的测定方法（细菌计数方法）主要有以下几种：1. 直接计数法这是一种非常简单的检测方法，我们可以利用计数板或计数仪直接得出细菌数目。1.1细菌计数板首先制备细菌悬液，取一定体积的样品细菌悬液置于细菌计数板的计数池内，用显微镜观察计数。根据计数室刻度内的细菌数，计算样品中的含菌数。特点：所需设备简单，测定结果较准确，可迅速得到结果，而且在计数的同时能观察到所研究微生物的形态特征。不能区分是否为细菌，不能区分活细菌和死细菌。单位
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从公元前400年，希波克拉底第一次描述念珠菌感染起，研究者们一直在探究与人类共生的微生物对人体健康及疾病的影响。皮肤作为人体最大的器官拥有约1.8m２的表面积，其主要功能是作为物理屏障，保护机体免受外来生物或有毒物质的侵害。同时，皮肤也是人体与外界环境接触的部位，因此常驻有各类微生物，包括细菌、真菌、病毒等。如果将皮肤看作一个生态系统，那么它就是由各类微生物和皮肤表面的组织、细胞及各种分泌物等共同组成的整体。微生物群落与皮肤表面组织之间维持着动态的平衡，这种平衡一旦被打破，就可能会引起皮肤病或感染。早期
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一、测序技术的发展史高通量测序（High-Throughput Sequencing）又名下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS），是相对于传统的Sanger测序（Sanger Sequencing）而言的。目前高通量测序的主要平台代表有罗氏公司(Roche)的454测序仪（Roch GS FLX sequencer）（已终止服务），Illumina公司的测序仪（Illumina Genome Analyzer）和ABI的SOLiD测序仪（ABI SOLiD seq
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