宏基因组生信分析方法介绍

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于 2022-05-10 17:06:11 发布 · 4.9k 阅读

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#宏基因组分析 #生信分析 #生信分析方法 #宏基因组测序

本文介绍了宏基因组学的三种主流分析方法：基于组装，基于Reads的直接比对，以及基于Bin的分析。每种方法都有其优缺点，基于组装能得到ORF丰度信息，但分析时间长；基于Reads方法快速但无法覆盖未测序微生物；基于Bin分析则能组装出样本中菌株基因组。

随着高通量技术的发展，宏基因组学（metagenomics）已经成为研究微生物群落物种及功能的前沿科学，在肠道微生物、环境微生物等研究领域具有广泛应用。宏基因组学通过对微生物群落全部DNA进行高通量测序，将测序序列与公共数据库进行比对或从头组装出微生物基因组，从而识别微生物群落的物种和功能基因。

目前主流的宏基因组数据分析方法包括三种：基于测序结果进行组装的分析方法；基于reads直接和已知数据库进行比对的方法；基于分箱bin的方法。

常用到的分析工具见下图：

一、基于组装

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