组织样本微生物检测介绍

于 2022-05-13 16:33:57 发布
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本文介绍了组织样本中微生物检测的方法，从传统的分离培养到高通量测序技术，强调了外源性微生物DNA污染的影响及排除策略。通过对低生物量样本的测序分析，利用Decontam等软件排除污染，提高研究的准确性。案例展示了这种方法在肺癌、肝内胆管癌等疾病研究中的应用。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

人体表面和体内都生活着大量的微生物，其总量甚至超过了人体自身细胞的数量。这些微生物在与宿主长期共存的过程中，逐步形成了独特的动态微生态系统，并在人体健康和各类疾病中都扮演了重要的角色。

对于组织样本中的微生物的早期研究主要采用传统的分离培养方法，来识别和描述微生物群落的组成和多样性。传统方法的局限性使研究者难以正确全面地阐明微生物的群落结构和多样性特点。而近年来发展出来的高通量测序技术从根本上改变了人们对微生物群落的认识，使人们得以系统地分析和认识组织样本中的微生物群落及其功能。基于16S rRNA /ITS基因，优化实验方法，增加对痕量微生物的研究，利用二代测序技术（Roche 454、Illimina MiSeq/novaseq、Ion Torrent PGM）来分析组织样本中微生物的多样性，为全面了解微生物群落的结构特点及其与人体健康的相互关系提供了便利的研究渠道。

在分析组织样本中微生物的群落组成时，必须要考虑到外源性微生物DNA污染的问题，在低生物量的样本中这个问题尤为重要。组织样本中的微生物量一般都很低，因此在设计实验的过程中，每一个步骤中都需要加入不含任何微生物DNA的空白对照样品，避免外源性污染导致分析结果出现偏差。若实验样本的抽提和PCR扩增结果都呈阳性，而所有空白对照的结果都为阴性，则可以证明样本中基本不存在外源性微生物DNA的污染，可以正常地进行后续的测序和分析。

但是对于一些生物量极低的样本，外源性微生物的污染很容易造成目标样本出现假阳性的结果，因此这类样本的处理和PCR过程异常困难。在某些极端的情况下，一个样本的测序结果中有80%的序列都有可能是来自外源污染物的。针对此类情况，现在比较普遍的解决方案就是将空白对照样本和目标样本一起进行高通量测序，根据测序结果，从目标样本中移除那些可能来自外源微生物的序

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