宏基因组分析-基于Reads比对

原创

于 2022-05-26 17:14:21 发布 · 4.9k 阅读

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#宏基因组检测 #宏基因组分析 #Reads比对 #宏基因组 #微生物检测

本文介绍了基于Reads比对的宏基因组分析方法，包括Kranken2物种注释、HUMAnN功能注释、FMAP功能注释，以及差异和相关性分析。通过对高通量测序数据进行比对，揭示微生物群落的物种组成、功能特征和环境关联。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

介绍

宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。

宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。

下面我们介绍基于Reads比对的分析方法。

分析流程介绍

基于Reads的宏基因组分析，使用质控的优化序列与已知物种和功能数据库进行比对，从而得到每个样本的物种、功能注释信息和相对丰度。此方法的优点能够用比较科学的方法鉴定功能的物种来源，既能研究功能组成，也能研究每个功能都是来自哪些物种；分析速度快。

三、详细流程

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