15、遗传研究中群体亚结构的处理与家庭设计关联分析

遗传研究中群体亚结构的处理与家庭设计关联分析

在遗传研究中，群体亚结构是一个重要的影响因素，它可能导致研究结果出现偏差。同时，家庭设计在关联分析中也有着独特的优势和应用方法。下面将详细介绍群体亚结构的处理方法以及家庭设计关联分析的相关内容。

群体亚结构的处理方法

基因组控制方法

基因组控制方法的核心思想是通过对一组假定与表型无关的无效位点进行基因分型，评估研究中存在的群体混合程度，进而估计膨胀因子。由于膨胀因子 $\lambda_T$ 和 $\lambda_L$ 不依赖于被测试标记位点的等位基因频率，因此如果已知膨胀因子，就可以对全基因组中任何遗传位点的检验统计量进行调整。
具体操作步骤如下：
1. 选择一组无效位点，对这些位点应用相同类型的检验统计量，并正式测试标记位点的关联性。
2. 计算无效位点处所有检验统计量的中位数，通过公式 $\hat{\lambda} = \frac{0.4549}{median(\chi^2_1, \cdots, \chi^2_L)}$ 估计方差的膨胀因子 $\lambda$，其中 0.4549 对应自由度为 1 的 $\chi^2$ 分布的中位数。
3. 对于感兴趣的标记位点的检验统计量，如 $\chi^2_T$ 或 $\chi^2_L$，使用膨胀因子 $\lambda$ 进行调整，调整后的检验统计量 $\chi^2_{GC} = \hat{\lambda} \chi^2_L \sim \chi^2_1$ 用于等位基因检验，趋势检验 $\chi^2_T$ 同理。对于共显性检验，在 $\hat{\lambda}$ 的分子中使用 $\chi^2_2$ 分布的中位数。

在实际应用中，基因组