18、家族设计中的关联分析与多重检验问题

家族设计中的关联分析与多重检验问题

1. 家族设计中的关联分析

1.1 后代基因型的排列组合

在家族设计的关联分析中，当考虑三个后代的基因型排列时，允许出现如 (AA, Aa, Aa) 的排列。若观察到一个 AA 型的亲本，那么三个后代也可能出现 (AA, AA, Aa) 的排列，且每种排列的概率相等。在未观察到亲本基因型的情况下，对于加性模型，设 $X$ 为编码变量，可得出 $E(X) = \frac{2}{3} + \frac{1}{3} \times 2 = \frac{4}{3}$。若仅已知一个 AA 型亲本，且至少有一个 AA 和一个 Aa 型后代，由于 AA 基因型的概率更高，则 $E(X) = \frac{4}{3} \times \frac{1}{2} + \frac{5}{3} \times \frac{1}{2} = \frac{3}{2}$。

1.2 数量性状的分析方法

1.2.1 FBAT 方法应用于数量性状

将 FBAT 方法应用于数量性状较为直接。设 $Y$ 为测量性状，$\mu$ 应选择为近似 $E(Y|H_0)$ 的值。对于测量性状，样本可以来自未针对感兴趣性状进行选择的家族，如队列研究或健康调查的人群样本。此时，样本均值可作为 $E(Y|H_0)$ 的无偏估计，是 $\mu$ 的不错选择。以 $\mu = \overline{Y}$ 作为偏移量应用于三联体数据，可得到 Rabinowitz（1997）提出的数量性状 TDT 检验；若使用经验方差而非公式 (9.3)，则得到 Monks 和 Kaplan（2000）提出的检验方法。

当测量性状存在与测量性状高度相关的协变量时，可