在ubuntu下linux中，如何在shell脚本中使用conda activate？编写了shell代码无法自动加载.bashrc

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问题描述

前两天换了新主机，在主机中启用conda虚拟环境，无法启用，需要初始化conda，但是bashrc有初始化代码

怀疑是没有启动bashrc，因此在bashrc中最后一行加入

echo ".bashrc loaded"

运行shell脚本，没有输出，确定是无运行

检查bashrc文件，发现开头有

# If not running interactively, don't do anything
case $- in
    *i*) ;;
      *) return;;
esac

这是为了防止bashrc在非交互界面自动启动的，于是将echo代码写在这里的前面

还是没用

手动加载bashrc呢？

source ~/.bashrc

确实打印输出了，但是依然不完美

bashrc文件中有防止非交互运行的代码
bash启动一个shell脚本，会启用一个子shell来运行，而子shell会继承父shell的环境变量（？或者只是conda环境）
在shell脚本的开始手动初始化conda吧

更新：在第二天解决了这个问题，询问了chatgpt

首先，发现source activate 是可用的

询问了chatgpt

其次，询问了chatgpt，应该使用

# 初始化 Conda 环境
eval "$(conda shell.bash hook)"
conda activate xxx

为什么eval "$(conda shell.bash hook)"？官方文档具体在哪里？

ChatGPT 说：

ChatGPT

解释：`eval "$(conda shell.bash hook)"` 的作用

当你在 shell 中运行 eval "$(conda shell.bash hook)" 时，Conda 会动态注入所需的环境配置脚本，从而允许使用 conda activate 和 conda deactivate 命令。这是因为：

Conda 初始化环境：
- conda activate 命令在新版 Conda 中（4.4 版本及之后）不再是简单的 shell 函数调用，而是依赖于 Conda 的 hook 脚本来完成环境切换。这个脚本需要在当前 shell 环境中被加载，eval "$(conda shell.bash hook)" 就是实现这一加载的命令。
避免修改全局配置文件：
- 使用 conda init 会修改用户的 ~/.bashrc 或 ~/.zshrc 文件，从而在每次打开新的 shell 时自动初始化 Conda 配置。而 eval "$(conda shell.bash hook)" 是一种更灵活的方式，不需要修改全局配置文件，可以直接在脚本中使用。
shell hook 的作用：
- conda shell.bash hook 会输出一段 shell 脚本，eval 命令会执行这段脚本，使得 conda 命令可以在当前 shell 会话中正确工作。这段脚本主要包括环境路径设置和函数定义等内容。

官方文档位置

你可以在 Conda 官方文档的 "Command Reference" 和 "Managing environments" 部分找到关于 shell hook 的说明：

Shell Hook 文档：Conda Shell Hook 官方文档

文档片段示例

根据官方文档：

To enable the conda activate command in a script or non-interactive shell, run:

bash

eval "$(conda shell.bash hook)" conda activate myenv

This command initializes Conda's functions in the current shell session without requiring a restart.

解决问题的根本原因

如果你不使用 eval "$(conda shell.bash hook)"，那么 conda activate 会在非交互式 shell 中失效，这是因为：

在非交互式 shell 中（例如 shell 脚本中），默认不会加载 ~/.bashrc 配置文件，而这个文件通常包含了 Conda 的初始化配置。
eval "$(conda shell.bash hook)" 在当前 shell 会话中动态加载了这些初始化配置，使 conda activate 可以正常工作。