03.一些软件の使用碎碎念

一、Discovery Studioの碎碎念

1.DS中改变将硫原子改变为O原子

选中S原子，右击→Element→换成O原子→保存为PDB格式

2.DS中删除不用的碳骨架

左键选中目标碳骨架上的C原子→Edit→Delete删除

3.DS中显示原子所带电荷

左键选中原子→右击label→add→name→charge(including 0)
(有的原子电荷显示不出来不知道为什么呜呜呜

4.DS中给特定原子加H

首先要给目标原子电荷调整为0，选中→右击charge→0
然后选中→H→add

5.DS中调整键的形式

左键选中键→上面工具栏中有→选中即可

二、Pymolの碎碎念

1.Pymol选中附近5A(“ai”）范围内的氨基酸、原子等

pymol界面左上方，调整成为Atoms格式
选中目标原子→Sele→Action→modify→around 5A°

2.Pymol中展示氨基酸标签

选中目标氨基酸→对sele→右侧label
上侧Setting里调整标签大小
调整为3-Button-Editing模式后，ctrl+鼠标左键挪动标签位置

3.Pymol中高清作图

屏幕右上方有个Draw/Ray
取消勾选Lock ascept ratio 调整Height 和Width 调整为300DPI
选择Ray(slow)
等待10分钟左右
Save Image to File 

三、VMDの碎碎念（后续maybe修改

1.VMD在模拟后加载轨迹文件

用vmd打开md_0_50.gro文件
File→New Molecules→Load Files for md_0_50.gro
Browse→md_0_50_fit.xtc

2.VMD观察蛋白质、小分子

Graphics→Represtions
Select Atoms:protein
Create Rep→resname 小分子名称

四、Gromacsの碎碎念

1.RMSF分析

gmx rmsf -s md_0_50.tpr -f md_0_50_fit.xtc -o rmsf_protein.xvg -res

2.查看历史命令

终端输入history