04.服务器的连接及使用脚本的编写

服务器的使用方法

1. 校外登录方法
	在https://vpn.buct.edu.cn/中下载vpn客户端，按照网站提示登录用户即可。
	连上vpn后进行下一步操作

2.校内登录方法
	（1）首先想办法下载好SSH Secure Shell Cilent这个软件，网上有安装教程，
		 但是安装包资源好像不是很好找，
		 我是在淘宝上买的，下载界面有点“病毒”的感觉，but，成功下载
	（2）成功安装后 点击Quick Connect，输入登录IP地址：
		 目前为xxxxxxxxxxxx（学校网络重启可能导致IP变化，变化后再通知）
	 	 再输入用户名和密码，即可连接上~
		 linux系统直接在终端输入ssh wangjiuru@222.199.224.113连接

3.提交任务及脚本编写
	（1）操作注意事项
		服务器安装了队列管理系统，两块服务器（分节点）均由一个登陆节点控制，
		一般登录后处于登陆节点（manager），登陆节点仅用于提交脚本及数据储存功能，
		若直接运行程序将会在登陆节点上进行计算。
		！切勿直接在终端内通过命令行运行程序（如gmx -xx， ./proda -xx），
		登录节点老旧且运算能力较差，容易崩溃，崩溃后则其他分节点也无法调用。
	（2）因此一般通过bash脚本提交任务进行计算
		a.节点5和节点6上分别有256个线程可用，
		当所有提交任务使用核数超过256时则自动开始排队。
		b.文件一直到cd $PBS_O_WORKDIR必须在每个bash脚本中存在，否则无法运行
		c.第4行控制选择的节点（node5或node6）及使用核数（ppn=8/16/32，尽量使用偶数核
		d.第5行-N后为脚本名，可随意命名，以达到区分不同任务的目的。
		e.#是注释的意思

	(3)提交脚本命令
		首先在上传文件的界面的上方找到命令行窗口，点开后，进入指定文件夹
		提交任务：qsub XXX
		取消任务：qdel  XXX
		查看任务状态：qstat

	   通过qstat查看任务状态时一般有四种：
	   R表示正在运行，Q表示排队中，C表示正常取消任务，E表示异常结束
	   （那正常结束是什么捏、目前还没见过~
4.运行脚本例子
	（1）写好要提交的脚本，如mod-anp-1ns.sh
	（2）命令行输入qsub mod-anp-1ns.sh
	（3）输入qstat查看运行是否成功
	（4）运行状态显示R则说明正常运行中，若显示E/C说明任务异常结束，
		 查看脚本是否书写正确（建议运行前在自己电脑进行测试）
5.结束鸣谢！
	特别感谢师兄鼎哥的悉心教导！