生物基础-多组学联合分析

R语言实战:用O2PLS和ggplot2搞定多组学数据联合分析(附完整代码) 在生物信息学研究中,整合不同组学数据(如转录组和代谢组)已成为揭示复杂生物过程的关键手段。O2PLS(双向正交偏最小二乘)作为一种强大的多组学整合方法,能够有效分解出两组数据间的共同变异和组学特异性变异。本文将手把手带您完成从数据预处理、模型构建到结果可视化的全流程,特别针对生物信息学初学者设计,即使没有统计学背景也能轻松上手。建议在分析前先检查各代谢物的分布情况,必要时进行log转换或去除极端值。对于基因表达数据,过滤低表达基因(如TPM<1的基因)可显著提高信噪比。注意:实际分析前需进行数据标准化。 阅读详情

简介

理解⼀种疾病的某种现象仅使用⼀种数据类型是远远不够的,随着高通量测序和多组学的快速发展,生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法,传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求,机器学习作为从数据中进行学习的算法,可以对不同组学来源(如基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学)的数据进行综合分析,开发针对个体多样性的多因素预测模型,可以显著减少需要考虑的潜在治疗组合的空间,并识别其他可能被忽视的组合,并可以添加实验验证的步骤,以提供额外的证据,从而证明预测治疗可能存在的有效性。其包含基因组学、转录组学、表观组学、蛋白组学

单细胞多组学联合应用

基因组学-DNA层次上的测序

简介

对生物体所有基因进行表征和定量研究,主要检测基因变异(SNV点突变,CNV拷贝数变异,InDel插入/缺失SV结构变异)

技术

WGS:全基因组。优势可以看到所有变异类型。劣势数据量大,成本高。

WES:外显子测序。优势占全基因组的1%左右,但包含80%的基因突变,成本低。

panel:只看所需要的基因突变。优势测序量少,

应用

外显子与单细胞联合应用 -单细胞水平上研究三阴性乳腺癌化疗前后对比(文献)

转录组-RNA水平的研究

技术

Bulk RNA-Sep:普通转录组、表达谱芯片(lincRNA、samllRNA、miRNA)、全录组(包括lincRNA、samllRNA、miRNA)、三代全长转录组(融合、可变剪切)

scRNA-Sep

空间转录组:可以得到细胞转录组的RNA的情况还可以知道每个细胞在什么位置

应用:

普通转录组与单细胞的结合-利用单细胞数据库从Bulk转录组中预测细胞类型比例(文献:跨物种单细胞分析揭示灵长类动物小胶质细胞发育差异)

单细胞与BCR/TCR单细胞组的免疫组库(文献:单细胞技术探究阿尔兹海默症患者免疫反应特征)

单细胞结合空间转录组学揭示骨髓生态位组织(文献:发布于Nature Cell Biology)

表观组学

简介

基于非基因序列改变所致基因表达水平变化

技术

甲基化测序

sc ATAC-seq

应用

甲基化测序结合转录组分析揭示了无精子症男性雄性的表观基因组异常(文献)

单细胞多组学分析确定混合表型急性白血病的调控程序(文献)

蛋白组学

技术

蛋白质谱测序

免疫荧光

流式细胞术

应用

单细胞转录组和质谱流式确定类风湿关节炎滑膜组织中的炎症细胞状态(文献)

代谢组

简介

研究生物体系(细胞、组织或者生物体)受刺激或扰动后代谢组变化的科学。

特点

种类繁多、结构性质复杂、定性困难

浓度范围动态范围宽、准确定量困难

技术

GC-MS+LC-MS双平台非靶向代谢组

精准靶向代谢组:定位更准确、定量更准确、线性范围宽

拟靶向代谢组:覆盖范围广、线性范围较宽、重复性好、灵敏度高、数据处理过程简单

独一无二的空间代谢组

应用

机制解析(药效)

安利零基础学习多组学(机器学习) 通过基础入门+进阶实例演练的讲授思路,从初学及应用研究角度出发,带大家实战演练机器学习在多组学整合分析中的数据处理、预测模型以及生物学意义阐述等,助力大家掌握多种机器学习算法模型的构建以及在多组学联合分析在肿瘤及慢性病中的实际应用。 阅读详情

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B. Palm", title = "Prediction as a candidate for learning deep hierarchical models of data", year = "2012",}```Contact: rasmusbergpalm at gmail dot comDirectories included in the toolbox-----------------------------------`NN/` - A library for Feedforward Backpropagation Neural Networks`CNN/` - A library for Convolutional Neural Networks`DBN/` - A library for Deep Belief Networks`SAE/` - A library for Stacked Auto-Encoders`CAE/` - A library for Convolutional Auto-Encoders`util/` - Utility functions used by the libraries`data/` - Data used by the examples`tests/` - unit tests to verify toolbox is workingFor references on each library check REFS.mdSetup-----1. Download.2. addpath(genpath('DeepLearnToolbox'));Example: Deep Belief Network---------------------```matlabfunction test_example_DBNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit RBM and visualize its weightsrand('state',0)dbn.sizes = [100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);figure; visualize(dbn.rbm{1}.W'); % Visualize the RBM weights%% ex2 train a 100-100 hidden unit DBN and use its weights to initialize a NNrand('state',0)%train dbndbn.sizes = [100 100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);%unfold dbn to nnnn = dbnunfoldtonn(dbn, 10);nn.activation_function = 'sigm';%train nnopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.10, 'Too big error');```Example: Stacked Auto-Encoders---------------------```matlabfunction test_example_SAEload mnist_uint8;train_x = double(train_x)/255;test_x = double(test_x)/255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit SDAE and use it to initialize a FFNN% Setup and train a stacked denoising autoencoder (SDAE)rand('state',0)sae = saesetup([784 100]);sae.ae{1}.activation_function = 'sigm';sae.ae{1}.learningRate = 1;sae.ae{1}.inputZeroMaskedFraction = 0.5;opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;sae = saetrain(sae, train_x, opts);visualize(sae.ae{1}.W{1}(:,2:end)')% Use the SDAE to initialize a FFNNnn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm';nn.learningRate = 1;nn.W{1} = sae.ae{1}.W{1};% Train the FFNNopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.16, 'Too big error');```Example: Convolutional Neural Nets---------------------```matlabfunction test_example_CNNload mnist_uint8;train_x = double(reshape(train_x',28,28,60000))/255;test_x = double(reshape(test_x',28,28,10000))/255;train_y = double(train_y');test_y = double(test_y');%% ex1 Train a 6c-2s-12c-2s Convolutional neural network %will run 1 epoch in about 200 second and get around 11% error. %With 100 epochs you'll get around 1.2% errorrand('state',0)cnn.layers = { struct('type', 'i') %input layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 6, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %sub sampling layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 12, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %subsampling layer};cnn = cnnsetup(cnn, train_x, train_y);opts.alpha = 1;opts.batchsize = 50;opts.numepochs = 1;cnn = cnntrain(cnn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = cnntest(cnn, test_x, test_y);%plot mean squared errorfigure; plot(cnn.rL);assert(er<0.12, 'Too big error');```Example: Neural Networks---------------------```matlabfunction test_example_NNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);% normalize[train_x, mu, sigma] = zscore(train_x);test_x = normalize(test_x, mu, sigma);%% ex1 vanilla neural netrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samples[nn, L] = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.08, 'Too big error');%% ex2 neural net with L2 weight decayrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.weightPenaltyL2 = 1e-4; % L2 weight decayopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex3 neural net with dropoutrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.dropoutFraction = 0.5; % Dropout fraction opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex4 neural net with sigmoid activation functionrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm'; % Sigmoid activation functionnn.learningRate = 1; % Sigm require a lower learning rateopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex5 plotting functionalityrand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]);opts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through datann.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex6 neural net with sigmoid activation and plotting of validation and training error% split training data into training and validation datavx = train_x(1:10000,:);tx = train_x(10001:end,:);vy = train_y(1:10000,:);ty = train_y(10001:end,:);rand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]); nn.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, tx, ty, opts, vx, vy); % nntrain takes validation set as last two arguments (optionally)[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');```[![Bitdeli Badge](https://d2weczhvl823v0.cloudfront.net/rasmusbergpalm/deeplearntoolbox/trend.png)](https://bitdeli.com/free "Bitdeli Badge")

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