10、分泌途径功能剖析与罕见突变检测方法研究

分泌途径功能剖析与罕见突变检测方法研究

一、分泌途径功能剖析

1.1 基因集富集分析（GSEA）

基因表达谱生成的PRLs会使用分子特征数据库（MsigDB）中的Java桌面应用程序进行GSEA分析。MsigDB有一系列注释好的基因集，为了研究通路的富集情况，采用了KEGG通路基因集。在所有22个PRLs中预测出了许多富集通路，仅考虑错误发现率（FDR）截断值为0.25的通路。很多预测通路有大量重叠基因，因此将重叠基因超过50%的富集通路合并为一组，具体操作步骤如下：
1. 从基因表达谱生成PRLs。
2. 利用MsigDB中的Java桌面应用程序对PRLs进行GSEA分析。
3. 选择KEGG通路基因集研究通路富集情况。
4. 筛选出FDR截断值为0.25的通路。
5. 将重叠基因超过50%的富集通路合并。

1.2 转录因子预测

使用在线资源TransFind、Locamo Finder和HTRIDB预测可能调控富集通路中基因表达的上游转录因子。TransFind和Locamo Finder基于转录因子对目标基因启动子的亲和力进行预测，HTRIDB则基于实验验证的人类转录调控相互作用。只选择所有工具共同预测出的转录因子进行进一步分析，具体步骤为：
1. 利用TransFind、Locamo Finder和HTRIDB进行转录因子预测。
2. 筛选出所有工具共同预测的转录因子。

1.3 结果与讨论

从LINCS数据库下载选定分泌途径基因的shRNA介导敲低（KD）后的基因表达谱并处理得到PRLs，再进行GSEA分析。扰动根据共同调节的通路进