18、蛋白质组学数据管理：现状与未来展望

蛋白质组学数据管理：现状与未来展望

1. 蛋白质组学数据标准与模型

在蛋白质组学研究中，PSI - GPS致力于评估实验方法、结果和结论的相关性，同时也在开发共识对象模型（PSI - OM）和用于数据交换的XML格式（PSI - ML），以兼容标准数据格式。HUPO PSI - GPS和PSI - MS小组也开始构建本体，以支持各种PSI项目生成的所有格式。

2. 质谱数据的公共存储库

为满足快速发展的蛋白质组学领域的需求，建立集中的公共蛋白质组学数据存储库至关重要。以下是一些常见的公共存储库：
| 存储库名称 | 网址 | 特点 | 数据量 |
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| PRIDE数据库 | http://www.ebi.ac.uk/pride | 由欧洲生物信息学研究所和根特大学联合开发，符合HUPO标准，可存储和检索蛋白质和肽鉴定及相关证据，以及实验的一般信息。采用Java 2和J2EE开发，使用XML作为基本数据结构，数据库管理系统从MySQL迁移到Oracle。 | 包含1,627个实验、178918个蛋白质鉴定和501296个支持肽鉴定 |
| 开放蛋白质组学数据库（OPD） | http://bioinformatics.icmb.utexas.edu/OPD/ | 存储基于质谱的蛋白质组学数据，包括实验的详细描述、设置、样本处理、原始质谱数据等。 | 约120万个代表四个不同生物体实验的光谱 |
| 肽图谱原始数据存储库 | http://www.peptideatlas.org/repository/ | 截至2007年7月，包含168个质谱实验数据集可供下载，数据集已发表或由数据生产者发布。P