RNA-seq Data Analysis-A Practical Approach-book(2015) 笔记

最新推荐文章于 2024-03-20 13:49:16 发布
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分类专栏： RNASeq
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/student_zero/article/details/50596004
本文探讨了在数据中识别有趣模式的重要性，特别是在使用人类视觉进行模式检测的优势。此外还提到了几种测序技术和数据处理方法。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

1 because nothing beats the human eye in detecting interesting patterns in the data 107


2 tophat2 default phred+33 illumina 1.9 is +33


3. 

RNA-seq Review：RNA-seq数据分析
cfc424的博客
11-08 1万+
文献：RNA-seq数据分析最佳实践调查 本次阅读Genome Biology杂志2016年Online的RNA-seq数据分析方法的Review论文，题目为： A survey of best practices for RNA-seq data analysis 本文翻译来自该文章。 RNA是基因组和蛋白组的中间体，因此转录本的鉴定和定量是重要的生物学问题。该论文综述了RNA-seq项目中相关的各个步骤、每个步骤的局限、和其他组学的整合以及展望。 Note ： 从摘要中可以发现本文综述分为两部分（1）现
RNA-seq Data Analysis a practical approach.zip
03-28
RNA-seq数据分析实用方法, 介绍了RNA-seq分析的很多方法，比如edgeR，limma包等。
RNA-seq数据分析实用方法(2015)
10-11
RNA-seq数据分析实用方法，包含了RNA-seq数据分析的各个方面。
RNA-seq Data Analysis
02-25
RNA-seq 实战, 介绍了大量主流软件,并提供了研究流程与思路.
RNA-seq analysis (practice)
Al_Liz_Well
06-25 1373
RNA-seq analysis （index building, mapping and differential expression analysis using DESeq2）
Lab 5B: RNA-seq Data Analysis
weixin_43306331的博客
09-17 596
Outline RNA-Seq experimental design Transcript quantification, and normalization Differential expression analysis Pathway anaysis RNA-Seq assembly Alternative splicing analysis Transcriptome profili...
BMS8110复习（五）：Lecture 5 - RNA-seq Data Analysis
wxw060709的专栏
12-03 554
RNA-seq Applications Differential expression Gene fusion Alternative splicing Novel transcribed regions Allele-specific(等位基因特异性) expression RNA editing Transcriptome for non-model organisms 生...
RNAseq生信分析流程简介
qq_28723681的博客
02-05 4410
简要介绍RNAseq生信分析流程
rna_seq
03-17
rna_seq 概述： 使用和进行比对的RNA-Seq管线（如果是后者则为伪比对）。 参数： -a | --aligner-to-use -a | --aligner-to-use ：如果要使用Kallisto，则指定1如果要使用HISAT2，则指定2 。 默认值：Kallisto -i | --input-files-directory -i | --input-files-directory ：输入包含FASTQ文件的目录的路径。 -r | --reference-index -r | --reference-index ：输入参考索引的路径。 1.如果选择了Kallisto，则输入索引参考转录组的路径（以.idx结尾）； 2.如果选择了HISAT2，则输入带前缀的索引参考基因组的路径-o | --output-directory -o | --output-directory ：
CUT&Tag与ATAC-seq联手，解析表观遗传机制
最新发布
Igenebook的博客
03-20 3172
CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作新兴的实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶精确切割目标蛋白结合的DNA区域，并在这些序列的两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。，即哪些区域对转录因子和其他调控蛋白是可及的，它可以用于研究基因调控网络、细胞类型特异性的染色质状态以及疾病状态下的表观遗传变化。，可以提供更详细的蛋白-染色质相互作用信息，有助于深入理解蛋白在基因调控中的具体作用机制；
biostarhandbook|你真的懂mRNA-seq数据分析了嘛?
weixin_34290096的博客
02-04 372
RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术，一般的用法就是看看基因表达谱，寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘，也是因为RNA-seq。 一开始我对mRNA-seq数据分析一无所知，跑了"tophat+cufflinks"的流程也不知道每一步的原因，把“RNA-...
ChIP-seq实战 | 染色质免疫共沉淀技术 | ATAC-seq | 染色质开放性测序技术
weixin_34253126的博客
04-23 833
参考：生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy，纯属个人笔记。    ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小体的技术，研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下，把细胞内的DNA与蛋白质交联（Crosslink）后裂解细胞，分离染色体，通过超声或酶处理将染色质随机切割...
转录组入门(6)： reads计数
weixin_34143774的博客
07-21 2314
要求 实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。 看看一些...
转录组分析综述A survey of best practices for RNA-seq data analysis
weixin_30387663的博客
10-19 1441
转录组分析综述 转录组 文献解读 Trinity cufflinks 转录组研究综述文章解读 今天介绍下小编最近阅读的关于RNA-seq分析的文章，文章发在Genome Biology 上的A survey of best practices for RNA-seq data analysis 。由于文章较长和枯燥，小编认为重要的信息，已经加粗加红，可...
RNA-seq 基本分析流程
weixin_30307921的博客
02-26 4158
高通量测序技术，就是二代测序，已经成为现代生物学研究的一个较为常规的实验手段。这一技术的发展极大地推动了基因组学，表观基因组学以及翻译组学的研究。RNA-seq 通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来对RNA样品进行研究，从而避免了许多之前研究手段的不足，比如象基因芯片或者 PCR 就需要背景知识。而且 RNA-seq 还可以触及以前无法研究的领域，比如复杂结构的转录体。 RNA-seq可以应用...
ATAC-seq技术原理简介
where is redhat
04-10 7511
ATAC-seq ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a technique used in molecular biology to assess genome-wide chromatin accessibility.[1] In 2013, the technique was first described as an alternative advanced method for MNas
RNA-seq分析流程
wangprince2017
01-23 1290
注意事项 默认阅读顺序：从右→左，顺时针方向。 图片信息量太大，建议右键→查看图像，放大图片后细看。 分析流程 参考资料 2016_Genome Biology_A survey of best practices for RNA-seq data analysishttps://en.wikipedia.org/wiki/RNA-Seqhttps://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA_sequencing ...
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