RNA-seq Data Analysis-A Practical Approach-book(2015) 笔记

最新推荐文章于 2024-03-20 13:49:16 发布
原创 最新推荐文章于 2024-03-20 13:49:16 发布 · 1.5k 阅读 · 7 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。

本文探讨了在数据中识别有趣模式的重要性，特别是在使用人类视觉进行模式检测的优势。此外还提到了几种测序技术和数据处理方法。

1 because nothing beats the human eye in detecting interesting patterns in the data 107


2 tophat2 default phred+33 illumina 1.9 is +33


3. 

文章分享 | Ribo-seq与RNA-seq联合分析揭示uAUG-ds翻译调控机制
Bluescape的博客
06-14 1719
研究使用RNA-seq、Ribo-seq和深度学习算法联合分析了转录组范围的翻译和结构特征，并且将结果扩展到其他生物体中，揭示了uAUG-ds作为调节基因表达的分子开关，动态调节防御性蛋白基因及肿瘤抑制基因的表达。
整合ATAC-seq和RNA-seq鉴定水稻病毒感染转录因子
最新发布
Igenebook的博客
05-20 1552
此外，通过整合ATAC-seq和RNA-seq，鉴定了349个开放式DACR中的上调基因和126个封闭式DACR的下调基因，其中34个转录因子（TF）通过上游基序的搜索得到进一步鉴定，8个转录因子的转录水平通过RT-PCR得到验证。研究还统计ATAC-seq片段在所有染色体上的分布（图1d），绘制了转录起始位点（TSS）的上游和下游3 kb的基因的ATAC-seq信号图，并发现TSS区域具有最高的信号，这意味着与其他区域相比，首先，使用BiFC鉴定了上述筛选的TF（图5a）和RSV蛋白之间的相互作用。
RNA-seq Data Analysis a practical approach.zip
03-28
RNA-seq数据分析实用方法, 介绍了RNA-seq分析的很多方法，比如edgeR，limma包等。
RNA-seq数据分析实用方法(2015)
10-11
RNA-seq数据分析实用方法，包含了RNA-seq数据分析的各个方面。
RNA-seq Data Analysis
02-25
RNA-seq 实战, 介绍了大量主流软件,并提供了研究流程与思路.
RNA-seq analysis (practice)
Al_Liz_Well
06-25 1411
RNA-seq analysis （index building, mapping and differential expression analysis using DESeq2）
Lab 5B: RNA-seq Data Analysis
weixin_43306331的博客
09-17 704
Outline RNA-Seq experimental design Transcript quantification, and normalization Differential expression analysis Pathway anaysis RNA-Seq assembly Alternative splicing analysis Transcriptome profili...
精选资源
scRNA-Seq_papers:来自我们阅读小组的单细胞 RNA-Seq 论文列表
06-03
到目前为止，这是一些单细胞 RNA-Seq (scRNA-Seq) 论文的非详尽列表。 粗体的论文是我稍微偏向于覆盖的论文。 这些论文包括分析方法、协议、评论和应用。 论文列表 2015年 2014年 使用单细胞 RNA-seq 重建远端肺...
BMS8110复习（五）：Lecture 5 - RNA-seq Data Analysis
wxw060709的专栏
12-03 570
RNA-seq Applications Differential expression Gene fusion Alternative splicing Novel transcribed regions Allele-specific(等位基因特异性) expression RNA editing Transcriptome for non-model organisms 生...
RNAseq生信分析流程简介
qq_28723681的博客
02-05 5414
简要介绍RNAseq生信分析流程
rna_seq
03-17
rna_seq 概述： 使用和进行比对的RNA-Seq管线（如果是后者则为伪比对）。 参数： -a | --aligner-to-use -a | --aligner-to-use ：如果要使用Kallisto，则指定1如果要使用HISAT2，则指定2 。 默认值：Kallisto -i | --input-files-directory -i | --input-files-directory ：输入包含FASTQ文件的目录的路径。 -r | --reference-index -r | --reference-index ：输入参考索引的路径。 1.如果选择了Kallisto，则输入索引参考转录组的路径（以.idx结尾）； 2.如果选择了HISAT2，则输入带前缀的索引参考基因组的路径-o | --output-directory -o | --output-directory ：
CUT&Tag与ATAC-seq联手，解析表观遗传机制
Igenebook的博客
03-20 3837
CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作新兴的实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶精确切割目标蛋白结合的DNA区域，并在这些序列的两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。，即哪些区域对转录因子和其他调控蛋白是可及的，它可以用于研究基因调控网络、细胞类型特异性的染色质状态以及疾病状态下的表观遗传变化。，可以提供更详细的蛋白-染色质相互作用信息，有助于深入理解蛋白在基因调控中的具体作用机制；
biostarhandbook|你真的懂mRNA-seq数据分析了嘛?
weixin_34290096的博客
02-04 392
RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术，一般的用法就是看看基因表达谱，寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘，也是因为RNA-seq。 一开始我对mRNA-seq数据分析一无所知，跑了"tophat+cufflinks"的流程也不知道每一步的原因，把“RNA-...
ChIP-seq实战 | 染色质免疫共沉淀技术 | ATAC-seq | 染色质开放性测序技术
weixin_34253126的博客
04-23 859
参考：生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy，纯属个人笔记。    ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小体的技术，研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下，把细胞内的DNA与蛋白质交联（Crosslink）后裂解细胞，分离染色体，通过超声或酶处理将染色质随机切割...
生信入门（五）——使用DESeq2进行RNA-seq数据分析
羊羊的博客
09-30 4764
生信入门（五）——使用DESeq2进行RNA-seq数据分析 文章目录生信入门（五）——使用DESeq2进行RNA-seq数据分析四、探索性数据分析五、差异数据分析六、AnnotationHub 本篇接上一篇，本篇做探索性数据分析，差异表达分析以及后面步骤 四、探索性数据分析 五、差异数据分析 六、AnnotationHub ...
转录组入门(6)： reads计数
weixin_34143774的博客
07-21 2393
要求 实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。 看看一些...
RNA-seq Review：RNA-seq数据分析
热门推荐
cfc424的博客
11-08 1万+
文献：RNA-seq数据分析最佳实践调查 本次阅读Genome Biology杂志2016年Online的RNA-seq数据分析方法的Review论文，题目为： A survey of best practices for RNA-seq data analysis 本文翻译来自该文章。 RNA是基因组和蛋白组的中间体，因此转录本的鉴定和定量是重要的生物学问题。该论文综述了RNA-seq项目中相关的各个步骤、每个步骤的局限、和其他组学的整合以及展望。 Note ： 从摘要中可以发现本文综述分为两部分（1）现
RNA-Seq数据分析基础脚本教程介绍
资源摘要信息:"RNASeq是一个包含多种用于分析RNA-Seq数据的脚本的项目。这些脚本不是特定于某一个实验设计，而是基础级别的，使用者可以根据自己的实验需求对脚本进行适当的修改和调整。该项目涉及的知识点主要包括...
评论
成就一亿技术人!
拼手气红包6.0元
还能输入1000个字符
 
红包 添加红包
表情包 插入表情
表情包 代码片
 条评论被折叠 查看
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值