19、EBOCA：生物医学概念关联本体的证据解析

EBOCA：生物医学概念关联本体的证据解析

1. 引言

近年来，生物医学数据的可用性显著增加。这些数据无论是结构化的（如关系数据库）还是非结构化的（如文本），通常由不同的公司或机构以专有格式分别管理，这种数据的异质性使得知识提取变得困难。例如，在COVID - 19治疗中，寻找与特定药物（如Plaquenil，其活性成分为Hydroxychloroquine）相互作用的药物就颇具挑战性，因为科学文献中通常提及的是药物的活性成分而非商品名。

为解决这一问题，生物信息学家将本体视为管理数据爆炸的有效方法。DISNET平台应运而生，它为研究人员提供了一个创建复杂多层图的平台，整合了来自结构化和非结构化源的大规模生物医学数据。然而，这些资源有时缺乏可追溯性，用户需要知道每条信息的来源和支持证据。

在此背景下，EBOCA本体被提出，旨在建模生物医学概念关联的证据。它由两个模块组成：一是生物医学概念及其关联；二是支持这些关联的证据，包含元数据和来源信息。

2. 相关工作

2.1 生物医学本体相关工作

• Open Biomedical Ontologies (OBO) ：作为一个本体信息资源，包含60多个本体，可通过BioPortal访问。其中包括Human Phenotype Ontology (HPO)、Sequence Ontology (SO)和PRotein Ontology (PRO)等。
• National Cancer Institute thesaurus (NCIt) ：提供近10,000种癌症及相关疾病、17,0