19、EBOCA：生物医学概念关联本体的证据探索

EBOCA：生物医学概念关联本体的证据探索

1. 背景与动机

在当今，生物医学数据的可用性急剧增加，这些数据以结构化（如关系数据库）和非结构化（如文本）的形式存在，且通常分散在不同公司或机构中，格式多样。这种数据的异质性使得知识提取变得困难，例如在寻找与特定药物（如治疗 COVID - 19 时的 Plaquenil）相互作用的药物时，由于文章中常使用药物的活性成分（如 Plaquenil 的活性成分 Hydroxychloroquine）而非商品名，使得搜索变得极具挑战性。因此，大规模语义集成信息、建立标准以及明确数据来源变得越来越重要。

生物信息学家将本体视为管理数据爆炸的有效方式，近年来，本体在生物医学知识建模方面得到了广泛应用。DISNET 平台便是其中的一项努力，它为研究人员提供了一个基于人类疾病网络（HDNs）概念创建复杂多层图的平台，整合了来自结构化和非结构化来源的大规模生物医学数据，旨在更好地理解疾病并生成新的药物再利用假设。然而，这些资源有时缺乏可追溯性，用户需要知道每条信息的来源和支持证据，因此添加元数据可以极大地改善决策过程，这在生物医学领域尤为重要。

2. 相关工作

2.1 生物医学本体相关工作

• Open Biomedical Ontologies (OBO) ：是一个本体信息资源，包含 60 多个本体，可通过 BioPortal 访问，如 Human Phenotype Ontology (HPO)、Sequence Ontology (SO)、PRotein Ontology (PRO) 等。
• National