codingGene的结构、3`UTR的结构和测序与物理覆盖度

1. codingGene的结构

codingGene一般表现出来至少是四个结构：TU，MODEL，EXON，CDS。TU不必说了，gene的转录单元；MODEL比较有意思，其实就是转录本的不同剪切方式；EXON是包含UTR部分，CDS不包含UTR。对于noncodingGene，没有CDS的说法，也没有UTR的说法，就不必细说了。

 

2. 3`UTR的结构

3`UTR是PolyA尾巴的载体，而加这个尾巴关键的是PloyA signal。这个信号位点在3`UTR富含T或GT和其上游AATAAA信号中间，大约离AATAAA20-25个核苷酸，这个位点叫Cleavage site。如果AATAAA发生突变，那么PolyA signal就不会被激活。

 

3. 测序与物理覆盖度

一度想不明白测序覆盖度与物理覆盖度的区别，查了半天的SA才明白了一些，只存在PE测序文库中，画了一张简化图给大家看。